Ein zweijähriger Bauernsohn wird von buddhistischen Mönchen in Tibet auf dem Lande, nahe der chinesischen Grenze, als die gesuchte Wiedergeburt des 13. Dalai Lama erkannt. Der selbstbewußte Knirps beansprucht vorlaut die Gebetskette seines Vorgängers als die eigene. Aus verschiedenen Gegenständen wählt er diejenigen aus, die seinem Vorgänger gehörten und er kennt die Namen der fremden Mönche. Der kleine Junge wird nach Lhasa, der Hauptstadt Tibets, gebracht, um dort von den Gelehrten auf seine zukünftige Rolle vorbereitet zu werden. Der größte Teil des Films zeigt das Leben am Hofe des Dalai Lamas mit all seinen buddhistischen Zeremonien und Riten, aber auch die Irritationen eines kleinen Jungen in einer fernen Stadt mit der Ahnung einer großen Verantwortung. Im letzten Teil sieht der Zuschauer den Einmarsch der Chinesen, die massenhafte Ermordung von Mönchen, die Zerstörung tausender Klöster und den Raub tibetischer Identität. Der Kundun erlässt eine Generalamnestie: „Freiheit für alle.“ Der Dalai Lama kann den „Großen Vorsitzenden“ in einem persönlichen Gespräch nicht von der Unabhängigkeit Tibets überzeugen, hält der doch alle Religion für Gift und das tibetische Regierungssystem für äußerst rückständig. Der Film endet mit der Flucht des Dalai Lama nach Indien, zu der nicht zuletzt die Befragung des Staatsorakels im Nechung-Kloster riet. Die spektakuläre Orakel-Zeremonie wird im Film bei mehreren Gelegenheiten gezeigt.
