Der junge Kuzco – seines Zeichens König der Inkas – führt eine ziemlich arrogante und wenig gerechte Regentschaft. Nicht gerade verwunderlich, dass eine beträchtliche Anzahl an Bürgern seines Reiches das Ende seiner Herrschaft herbeisehnen. Yzma, seine böse Beraterin, will diesen Vorgang aus Rache für ihre Entlassung mittels Zaubertrank beschleunigen. Doch aufgrund eines Fehlers ihres recht einfältigen Assistenten Kronk verwandelt sich Kuzco in ein Lama, statt das Zeitliche zu segnen.
Mit Hilfe des gutmütigen Bauern Patcha versucht er, ein Gegenmittel zu finden, um seinen Thron zurückzuerobern, und erlangt dabei im Laufe vieler Abenteuer Einsicht über seine ungerechten Handlungen als König.