Die Hauptfigur ist Miles Morales, der frisch von einer Spinne gebissen wird und seine Spinnenkräfte wie die von Spider-Man entwickelt. In seiner Welt beobachtet er, wie Peter Parker alias Spider-Man bei einem Experiment von Kingpin und seinen Handlangern, wie dem Grünen Kobold und Prowler, stirbt. Er verspricht Peter kurz vor dessen Tod, diese aufzuhalten. Der Kingpin alias Wilson Fisk versucht mittels eines Teilchenbeschleunigers zur Dimensionskopplung seine Familie, die er seiner Meinung nach durch Spider-Man verloren hat, zurückzuerlangen. Dabei werden Spider-(Wo)Men von fünf Universen in das Universum von Miles gezogen. Nach und nach erfährt Miles, dass es ein Multiversum mit mehreren Spider-Man-Versionen gibt. Miles verbündet sich mit den Spider-Versionen der anderen Dimensionen, um den Kingpin und Doc Ock aufzuhalten und seine alternativen Versionen nach Hause zu schicken, was ihnen letztlich gelingt.