In der Zelle der in einem abgeschiedenen Kloster bei Montreal lebenden jungen Nonne Agnes wird ein toter Säugling aufgefunden. Die Ordensfrau kann sich jedoch weder an die Schwangerschaft noch an die Geburt erinnern, noch daran, ob sie das Baby getötet hat. Auch ist unklar, wer das Kind gezeugt haben kann, da die Nonnen in der Klausur eines Klosters leben und der Spiritual ein sehr alter Priester ist. Die Psychologin Martha Livingston untersucht die Hintergründe des Falls: sie befragt ausführlich vor allem die Oberin, den Spiritual des Klosters und auch Agnes selbst. Diese ist die Nichte von Mutter Miriam Ruth, die das Kloster leitet, und lebt seit ihrer Jugend im Konvent. Der Fall wird zunehmend mysteriöser, als bei Schwester Agnes in Livingstons Gegenwart die Wundmale Christi auftreten und heftig bluten. Halb gegen ihren Willen ist Livingston, eine abtrünnige Katholikin, von Agnes und dem verborgenen Leben der Nonnen fasziniert.
Obwohl Kirchenvertreter wie auch ihr Vorgesetzter auf eine rasche Erledigung der Untersuchungen drängen, will Livingston der Wahrheit möglichst nahe kommen. Unter hypnotischer Rückführung, zu der die Oberin schließlich ihre Einwilligung gibt, offenbart Agnes schließlich, dass sie das Kind im Affekt nach seiner Geburt tötete, da sie es für einen „Irrtum“ Gottes hielt. Wie das Kind entstand, wer gegebenenfalls sein Vater gewesen sein könnte, bleibt offen, die Erklärungsversuche der Mystik verhaftet. Agnes, vom Vorwurf des Mordes entlastet, kann ihr Leben im Kloster fortsetzen.
