Kevin Wendell Crumb, ein junger Mann mit multipler Persönlichkeitsstörung, ist noch immer auf freiem Fuß und hochgefährlich, wenn die Bestie in ihm zum Vorschein kommt. Er hat schon einige Menschenleben auf dem Gewissen und die Gefahr besteht, dass es schon sehr bald mehr werden. David Dunn, der in einem Fernsehbericht von Kevins Taten erfahren hat, heftet sich deshalb an seine Fersen, um ihm das Handwerk zu legen. Dabei hält er zu seinem Sohn Joseph Funkkontakt. Kevin hat vier junge Frauen entführt, die angekettet in einer alten Ziegelei nach und nach die Bekanntschaft mit seinen verschiedenen Persönlichkeiten machen dürfen. Als Dunn bei einem seiner Kontrollgänge auf Kevin stößt und ihn zufällig berührt, hat er eine Vision, wo sich die Mädchen befinden. Nach deren Befreiung, während eines Kampfes mit der Bestie, werden beide von der Polizei gefangen genommen.
Sie finden sich im Raven Hill Memorial Psychiatric Research Center wieder, einer Einrichtung der Psychiaterin Dr. Ellie Staple, die sich auf Individuen spezialisiert hat, die glauben, Superhelden zu sein. Dunn wird mit Hochdruckdüsen, die im Ernstfall sein Zimmer mit Wasser überfluten, festgehalten. Kevin hält man mit Hypnoselicht unter Kontrolle, starkes Blitzlicht, das ihn zwingt, seine Persönlichkeit zu wechseln. Elijah Price, der sich schon ein wenig länger in der Einrichtung befindet, wird mit Sedativa ruhiggestellt. Staple bemüht sich, alle Welt zu überzeugen, dass es keine übermenschlichen Kräfte gibt und die drei Patienten nur eine spezielle psychische Erkrankung haben. Elijah befreit Kevin, um "die Bestie" zu entfesseln, die sich in einem Kampf gegen Dunn beweisen soll. Diesen wünscht er jedoch vor den Augen der ganzen Welt, um den Menschen die Existenz von Superhelden zu beweisen.
Dr. Staple versammelt unterdessen bewaffnete Männer und erklärt, dass sie die meiste Zeit ihrer Karriere damit verbracht hat, Superhelden daran zu hindern, sich der Welt zu offenbaren. Sie gehört, wie sich herausstellt, zu einer Geheimorganisation, die seit 10.000 Jahren versucht, Menschen mit übermenschlichen Kräften aufzuspüren, damit es keine Götter auf der Erde gibt. Bislang waren sie dabei erfolgreich.
Einer von Staples Männern schleift den durch Wasser geschwächten David zu einer Pfütze und man ertränkt ihn darin, nachdem Kevin Elijah tödlich verwundet hat, weil er erfahren hat, dass Elijah das Zugunglück arrangiert hat, bei dem einst Kevins Vater ums Leben kam. Nachdem sein Vater gestorben war, fing seine Mutter an, ihn zu misshandeln, was zur Entstehung von Kevins vielfältigen Persönlichkeiten führte. Schließlich wird auch Kevin von Staples Männern getötet.
Die Kameras in der psychiatrischen Anstalt waren aber zuvor von Elijah gehackt worden, und das Filmmaterial wird veröffentlicht, wodurch die Existenz von Menschen mit übermenschlichen Fähigkeiten offenbart wird. Staple ist geschockt, dass die Öffentlichkeit jetzt von den Superhelden weiß, für deren Geheimhaltung sie kämpfte. Ihre Pläne und die der geheimen Gesellschaft sind durchkreuzt worden. Der Film endet in Philadelphia; und Mrs. Glass sagt Joseph, „die Geheimnisse des Universums liegen jetzt offen vor uns“.