Selene ist ein Vampir, eine „Todeshändlerin“, die seit Jahrhunderten Jagd auf Werwölfe (Lykaner) macht und sie vernichtet. Durch Zufall entdeckt sie das Interesse der Lykaner an einem einzelnen Menschen, dem Assistenzarzt Michael Corvin. Obwohl Kraven, der derzeitige Anführer der Vampire, diesem Umstand keine Bedeutung zumisst und sich ganz auf die bevorstehende Erweckung eines der alten Vampirfürsten konzentriert, rettet Selene Michael vor den Werwölfen. Sie kann jedoch nicht verhindern, dass er von Lucian, dem totgeglaubten Anführer der Lykaner, gebissen wird.

Der Film erzählt die Geschichte des Ursprungs der Lykaner. Lucian ist der erste Lykaner, der von einer Werwölfin geboren wurde. Seine Verwandlung in einen Werwolf wird nicht durch den Mond beeinflusst, sondern er ist in der Lage, sie bewusst durchzuführen. Viktor, einer der drei Ältesten unter den Vampiren, lässt Lucian in seinem Konvent aufwachsen. Er wird jedoch wie ein Tier gehalten und muss ein Dornenhalsband tragen, das ihn bei einer eigenmächtigen Verwandlung töten würde. Viktor erschafft weitere Werwölfe, das Volk der Lykaner, die als Sklaven für seine eigene Rasse dienen. Währenddessen verüben „wilde“ Werwölfe, die umgewandelten Opfer von William, dem ersten Werwolf, aus den Wäldern heraus Übergriffe auf menschliche Siedlungen.

Der junge D’Artagnan, der von seinem Vater, einem ehemaligen Musketier, im Fechten ausgebildet worden ist, will sich den königlichen Musketieren anschließen. Deshalb begibt er sich auf die Reise nach Paris, auf der er bereits seinen künftigen Erzfeind kennenlernt: Rochefort, den Anführer der Truppen des Kardinals Richelieu. Als er in Paris ankommt, fängt er aus verschiedenen Gründen mit drei Musketieren Streit an, woraufhin er sich im Abstand einer Stunde mit allen zum Duell verabredet. Als die drei Musketiere, Athos, Porthos und Aramis, zu dem ersten Duell erscheinen (Athos hat Porthos und Aramis zu seinen Sekundanten bestimmt), merken sie, dass sie alle mit demselben Gegner zum Duell verabredet sind. Bevor es jedoch zu einem Kampf kommen kann, erscheinen die Truppen des Kardinals und wollen alle vier verhaften. D’Artagnan, der sich sofort in den Kampf stürzt, besiegt die Truppen fast im Alleingang.

Nach den Ereignissen von Underworld: Evolution haben die Menschen entdeckt, dass sich zwei Mutationen des Homo sapiens entwickelt und jahrhundertelang unentdeckt auf der Erde gelebt haben. Es beginnt eine kriegerische Säuberungsaktion der Menschen gegen Vampire und Lykaner (Werwölfe), die mit deren beinahe vollständiger Auslöschung endet. Auf der Flucht wird Selene mit Michael gefangen genommen und kryokonserviert.