Im Frühling 1861 lässt die Nachricht über die nahenden Unionstruppen im südstaatlichen Ort Marietta die Kriegshysterie ausbrechen. Um Gunst und Respekt seiner geliebten Annabelle Lee nicht zu verlieren, meldet sich der angesehene Lokomotivführer Johnnie Gray eifrig beim Rekrutierungsbüro. Aus für ihn unverständlichen Gründen wird er als Soldat abgelehnt; dass er als Lokomotivführer für den Süden als wertvoller erachtet wird, erfährt er ebenso wenig wie Annabelle. Sie will ihn erst in Uniform wiedersehen – eine für Johnnie unmögliche Aufgabe und somit das Ende der Beziehung.

Die junge Waise Sheeta lebt seit dem Tod ihrer Eltern allein in ihrer Hütte in den Bergen. Von ihren Eltern erbte sie eine Kette mit einem Edelstein. Der geheimnisvolle Musca, ein Agent der Regierung, entführt sie mithilfe der Armee auf ein Luftschiff. Als dieses von der Luftpiratin Dora und ihren Söhnen angegriffen wird, klettert Sheeta aus einem Fenster und stürzt in die Tiefe. Da ihr Stein die Kraft hat, sie zum Schweben zu bringen, landet sie bewusstlos in den Armen von Pazu, der ebenfalls Waise ist und bei den Bergarbeitern einer Minenstadt arbeitet. Er ist auf der Suche nach Laputa, einer verborgenen Stadt im Himmel, die sein verstorbener Vater gesehen haben will.

In einer postapokalyptischen Zukunft ist ein Großteil der Erde vom „Meer der Fäulnis“ bedeckt, einem riesigen, giftigen Pilzwald, der sich ständig ausdehnt und auch die letzten der von den wenigen noch lebenden Menschen bewohnten Landstriche zu überwuchern droht. Der Wald entstand nach den „Sieben Tagen des Feuers“, einem großen Krieg, in dem riesige künstliche Krieger eingesetzt wurden, die Titanen. Seitdem breitet sich der Wald immer weiter aus und die Menschheit schrumpft. Zwar blieben einige Erfindungen, wie die Luftfahrt, erhalten, doch viele Technologien früherer Zeiten sind in Vergessenheit geraten, und die Menschen leben in einfachen Verhältnissen. Viele betrachten den Wald und die in ihm lebenden riesigen Insekten und die hausgroßen asselartigen Ohmu als Todfeinde.

Der Tokioter Professor Tatsuo Kusakabe zieht 1958 mit seinen beiden Töchtern Satsuki und Mei aufs Land nach Matsuo, um in der Nähe seiner Frau sein zu können, die sich in einem Krankenhaus von einer schweren Krankheit erholt. Bei ihrer Ankunft erkunden die beiden Mädchen das alte Haus und entdecken ‚Rußmännchen‘, die in unbewohnten Häusern leben. Die ‚Großmutter‘ – eine alte Frau von der Nachbarfarm – erklärt ihnen, dass die Rußmännchen friedliche Geister seien, die das Haus bald verlassen würden, da es wieder bewohnt ist. Satsuki lernt dabei den gleichaltrigen Kanta, den Enkel der ‚Großmutter‘, kennen.

Die junge Hexe Kiki verlässt mit dreizehn Jahren ihre Familie und ihre Freunde, um in einer fremden Stadt ihre Hexenkräfte zu vervollkommnen, so wie es die Tradition von allen jungen Hexen verlangt. Zusammen mit ihrem schwarzen Kater Jiji, der ihr helfend zur Seite steht und in allen Lebenslagen eine ironische Antwort parat hat, gelangt das Mädchen in eine Stadt am Meer. In der ungewohnten und unbekannten Großstadt verfällt das Mädchen zunächst in tiefe Unsicherheit, aber sie findet eine Wohnung und gute Freunde in einer Bäckerei und entwickelt den Wunsch, selbst einen Betrieb zu eröffnen: Einen Lieferservice, den sie mit ihrer Flugfähigkeit betreiben will.

Ende der 1920er Jahre kämpft der Flugzeugpilot Porco Rosso als Auftragssoldat für Frieden am Himmel rund ums Mittelmeer. Auf seinen Reisen tut er sich mit der talentierten Mechanikerin Fiona zusammen, die ihm in seinem Kampf gegen den Luftpiraten Curtis patent zur Seite steht. Als Porco Rosso von einem prahlerischen Piloten zum Duell herausgefordert wird, beginnt ein Kampf, der das Leben der beiden Fliegerasse und der Zuschauer am Boden für immer verändern wird.

Ashitaka, der junge Prinz eines Emishi-Stammes, wird bei der erfolgreichen Verteidigung seines Dorfes gegen den Angriff eines zum Dämon gewordenen Keilers von einem tödlichen Fluch befallen. Auf der Suche nach Heilung reist er weit in den Westen und gelangt schließlich in die Heimat des Keilers Nago, eines ehemaligen Beschützers des Waldes. Er gerät zwischen die Fronten eines Krieges zwischen den Arbeitern einer Eisenhütte, die den Wald abholzen und Metalle abbauen, und den Tiergöttern und Tieren des Waldes, die ihr Territorium verteidigen.

Die 10-jährige Chihiro Ogino zieht mit ihren Eltern in eine neue Stadt. Bei der Ankunft verfahren sie sich und entdecken eine Art verlassenen, geheimnisvollen Vergnügungspark. Gegen Chihiros Willen beginnen sie diesen zu erkunden. Während ihre Eltern sich unerlaubt in einem Restaurant auf das dort bereitstehende Essen stürzen und wie Schweine essen, streift Chihiro umher und trifft den Jungen Haku. Dieser warnt sie, rechtzeitig vor Einbruch der Dunkelheit von hier zu fliehen. Doch als sie zu ihren Eltern zurückkommt, haben sich diese bereits in Schweine verwandelt – und mit hereinbrechender Dämmerung wird es in dem Ort immer unheimlicher.

Die junge Hutmacherin Sophie wird eines Tages von einem jungen hübschen Mann vor zwei aufdringlichen Soldaten gerettet. Da die Hexe aus dem Niemandsland schon seit längerem Interesse an dem Retter hegt, belegt diese Sophie aus Eifersucht mit einem Fluch, der Sophie in eine 90 Jahre alte Frau verwandelt. Sophie flüchtet aus der Stadt und macht sich auf den Weg zum Niemandsland. Auf dem Weg hilft sie einer umgeworfenen Vogelscheuche auf, die ihr dankbar folgt. Als Sophie diese bittet, ihr ein Haus zu suchen, erscheint das wandelnde Schloss des Zauberers Hauro.

Ein Goldfischmädchen wird von seinem Vater, dem Magier Fujimoto, unter Wasser gefangen gehalten. Doch es flieht aus seinem Heim und strandet an der Küste. Dort trifft es den Jungen Sōsuke, der sie Ponyo nennt, und die beiden werden Freunde. Gemeinsam mit seiner Mutter Lisa fahren sie in die Kindertagesstätte, Lisa arbeitet im Altersheim nebenan. Als Sōsuke heimlich zum Wasser geht, holt Ponyos Vater sie wieder zurück. Sōsuke, über den Verlust Ponyos verzweifelt, geht daraufhin zu seiner Mutter, die ihn zu trösten versucht.

Der junge Jirō Horikoshi träumt während des Ersten Weltkriegs in seinem Elternhaus vom Fliegen. Im Traum besteigt er ein vogelartiges Flugzeug auf dem Dach seines Hauses, mit dem er elegant über das Land schwebt, zwischen Häusern und Bäumen hindurch. Auf einmal taucht aus einer finsteren Wolke ein riesiges unheimliches Luftschiff auf, an dem zahllose pulsierende Gondeln mit Schattenwesen hängen. Als er zum Angriff übergehen will kann er plötzlich nicht mehr richtig sehen, rammt eine Gondel, stürzt in die Tiefe und wacht auf. Jirō ist im richtigen Leben stark kurzsichtig, auf seine Brille angewiesen und hat keine Aussicht darauf, jemals ein Flugzeug zu steuern.