Die Zeit der Handlung des Films ist unbestimmt, es könnten die 1920er oder 1930er Jahre sein. Der Schriftsteller Basil reist nach Kreta, wo er ein aufgelassenes Braunkohlebergwerk seiner Familie wieder in Betrieb nehmen will. Im Hafen von Piräus lernt er den Makedonier Alexis Sorbas kennen, einen ehemaligen Soldaten und Bergmann, den er spontan als Vorarbeiter engagiert. In dem abgelegenen Dorf auf Kreta quartieren sich die beiden zunächst in der Pension von Madame Hortense ein, einer alternden Kurtisane, die ihren früheren Beziehungen zu hochrangigen ausländischen Offizieren nachträumt.

Ein namentlich nicht genannter Staat, in dem Militär und Königshaus herrschen und die Demokratie immer mehr ausgehöhlt wird, duldet Opposition als „kommunistischen Mehltau“ nur widerwillig. Als eine pazifistische Oppositionsgruppe eine Veranstaltung mit einem populären Universitätsprofessor, Abgeordneten und NATO-Kritiker durchführen will, werden dieser Veranstaltung zunächst Steine in den Weg gelegt. Der Politiker wird nach der Veranstaltung unter den Augen der Polizei ermordet.

Ähnlich wie Z thematisiert der unsichtbare Aufstand die Verhältnisse in einem autoritär regierten Regime kurz vor einer Militärdiktatur, hier bezogen auf Uruguay im Jahr 1970. Und ähnlich wie Z fußt der Film auf realen Ereignissen, die hier den in der breiteren Öffentlichkeit kaum beachteten Fall des als Entwicklungshelfer getarnten US-amerikanischen Agenten Daniel Mitrione aufgreifen, der 1970 der Regierung in Uruguay beratend zur Seite gestellt worden war, bis er von Stadtguerillas entführt und ermordet wurde.

Francesco Vincent „Frank“ Serpico geht 1959 voller Elan zum New York City Police Department; seit seinen Kindertagen träumt er davon, Polizist zu werden. Als sein Traum sich dann erfüllt, muss er jedoch schnell feststellen, wie es bei der Polizei wirklich zugeht: Kollegen misshandeln Verdächtige und streichen Schmiergelder ein. Wer sich weigert mitzumachen, wird schnell zum Außenseiter und von den eigenen Kollegen unter Druck gesetzt. Serpico versucht die Missstände zu melden, aber seine Vorgesetzten behindern ihn und lassen ihn mehrfach versetzen. Zehn Jahre lang wandert er von Revier zu Revier und leidet unter dem ständigen Misstrauen der anderen Beamten. Auch privat kommt er mit anderen Leuten und wechselnden Freundinnen nur schwer zurecht, immer wieder leiden seine Mitmenschen unter seinem überschäumenden Temperament.