In der Halloweennacht 1963 tötet der sechsjährige Michael Myers seine 17-jährige Schwester Judith in ihrem Haus in Haddonfield in Illinois mit einem Küchenmesser, woraufhin er ins Smith’s Grove Warren County Sanatorium eingeliefert wird. Dort gelangt er in die Obhut des Psychiaters Dr. Sam Loomis. Loomis entdeckt hinter dem starren Blick des kleinen Jungen eine enorme Menge an Zorn und bezeichnet ihn in der Folge als „böse“. In einem Gespräch mit Sheriff Leigh Brackett sagt er zudem: „Ich habe acht Jahre lang versucht, mit ihm Kontakt zu bekommen, dann nochmal sieben Jahre, um zu verhindern, dass er jemals wieder auf freien Fuß gesetzt wird. Ich wusste zu gut, was sich hinter diesen Augen verbirgt, das absolut … Böse.“

Am 100. Jahrestag der Stadtgründung von Antonio Bay in Kalifornien sollen die ersten sechs Siedler und Stadtgründer mit einem Fest geehrt werden. In der Nacht davor entdeckt Pater Malone in seiner Kirche das Tagebuch seines Großvaters, der gleichfalls Pater war. So erfährt er die Vorgeschichte der Stadtgründung: Die ersten Siedler hatten ein Schiff durch falsches Leuchtfeuer absichtlich auf ein Riff bei Spyvey Point gelenkt, um zu verhindern, dass in ihrer Nähe eine Leprakolonie errichtet wird. Ein reicher Leprakranker namens Blake hatte den Männern zuvor das für die Kolonie bestimmte Land mit Gold abgekauft. Er und seine Leidensgenossen waren an Bord des Schiffes und ertranken. Die sechs Verschwörer gründeten nach dem Unglück mit dem Gold die Stadt.

New York im Jahr 1997: Die Kriminalität hat in den 1980er Jahren derart zugenommen, dass herkömmliche Gefängnisse nicht mehr ausreichen. Daher wurde Manhattan 1988 aufgegeben und die ganze Insel in ein Hochsicherheitsgefängnis verwandelt. Wer dorthin verlegt wird, wird zuvor sterilisiert und dann sich selbst überlassen, abgeschottet von der Außenwelt und ohne Aussicht, jemals wieder von der Insel zu entkommen. Dies hat dazu geführt, dass die Gefangenen inzwischen eigene Gesellschaftsformen entwickelt haben.

Nahtlos wird an die Ereignisse des ersten Teils angeknüpft. Es ist dieselbe Nacht und Michael Myers ist nach dem Sturz aus dem Fenster spurlos verschwunden. Dr. Loomis und der Sheriff versuchen, ihn wiederzufinden, während er mordend auf dem Weg ins Krankenhaus ist, in das die sichtlich geschockte Laurie eingeliefert wurde. Nachdem ein ähnlich gekleideter Mann bei einem Unfall stirbt, denken die meisten, der Spuk sei zu Ende. Doch Loomis’ Zweifel bewahrheiten sich: Nicht Myers ist gestorben, sondern ein Unschuldiger. Michael Myers ist derweil im Krankenhaus und ermordet das Personal, doch Laurie kann ihm vorerst entkommen.

Der Film erzählt von einem Arzt, der eine Verschwörung aufdeckt: Der Spielzeugfabrikant der Firma „Silver Shamrock“ versucht, mittels ferngesteuerter und präparierter Halloween-Masken tausende von Kindern zu töten. Dies soll mittels eines Werbespots in der Halloweennacht ausgelöst werden. Zwar gelingt es dem Arzt, den Spielzeugfabrikanten und seine Handlanger auszuschalten. Er schafft es jedoch nicht, die Ausstrahlung der Werbespots zu verhindern.

Die 17-jährige Chris Parker erwartet voller Vorfreude ihren Freund Mike Todwell zu einem abendlichen Date. Er versetzt sie aber, und der Besuch in einem französischen Nobelrestaurant fällt aus. Zur Ablenkung erfüllt sie eine Bitte der befreundeten Andersons, in einem gut situierten Vorort von Chicago auf ihre Tochter Sara aufzupassen, während die Eltern an einem geschäftlichen Empfang im Stadtzentrum teilnehmen. Saras 15-jähriger Bruder Brad ist heimlich in Chris verliebt und wird deshalb ständig von seiner achtjährigen Schwester aufgezogen. Als Chris’ Freundin Brenda vom Busbahnhof anruft und berichtet, sie sei von zu Hause weggelaufen, entscheidet Chris, gemeinsam mit den Kindern in die Stadt zu fahren, um Brenda zu helfen. Brads pubertierender Freund Daryl besteht ebenfalls darauf, mitgenommen zu werden.

Der Radiomoderator Jack Lucas ist auf dem Höhepunkt seiner Karriere. Er ist bekannt für seine scharfe Zunge und sein loses Mundwerk. Dennoch rufen Hörer in seiner Sendung an und lassen sich von ihm „beraten“. Eines Tages ruft Edwin an, und durch eine falsche Bemerkung von Jack läuft er Amok und richtet mit einem Gewehr in einer Bar ein Blutbad an. Geplagt von Schuldgefühlen, versinkt Lucas in Selbstmitleid und stürzt in Alkohol und Schulden ab. Einzig die aufopfernde Liebe der Videothekenbesitzerin Anne, die verzweifelt gegen Jacks Launen kämpft, hat ihn nicht völlig abgleiten lassen.

Am 100. Jahrestag der Stadtgründung von Antonio Bay breitet sich ein merkwürdiger, unnatürlicher Nebel von See her über die Inselstadt aus. Es stellt sich heraus, dass sich im Nebel die Geister von ermordeten Seeleuten befinden, die Rache für die an ihnen begangenen Schandtaten nehmen wollen. Die Geister töten mehrere Bewohner des Ortes. Das Pärchen Nick und Elizabeth, Nicks Kumpel Spooner sowie die Radiomoderatorin Stevie kämpfen ums Überleben. Vor allem Elizabeth scheint eine besondere Verbindung zu den Geistern zu haben, denn sie wird seit einiger Zeit von Albträumen geplagt, in denen sie brennende und ertrinkende Menschen sieht.