Das 19. Jahrhundert neigt sich seinem Ende zu. In London lernen sich die beiden angehenden Zauberkünstler Robert Angier und Alfred Borden kennen. Was beide eint, ist die Faszination für Zauberkunst und das Bestreben, ihr Publikum mit bisher ungesehenen Zaubertricks zu erstaunen. Die beiden beginnen einen freundschaftlichen Wettstreit unter Mithilfe des altgedienten Ausstatters Cutter. Angiers Ehefrau Julia, die als Assistentin mit auf der Bühne steht, ertrinkt während eines spektakulären Tricks in einem Wasserbehälter, nachdem sie einen Knoten, den Borden gebunden hat, nicht rechtzeitig hat lösen können.

Batman und der Polizist Jim Gordon beginnen mit zunehmendem Erfolg, das Verbrechen in Gotham City zu bekämpfen, und bringen unter anderem den aus Batman Begins bekannten Schurken Scarecrow hinter Gitter, als plötzlich ein geheimnisvoller Krimineller erscheint, nur bekannt als Joker. Der geschminkte Psychopath, dessen Mundwinkel durch Narben an den Seiten seines Mundes zu einer Art bizarrem „Dauergrinsen“ verzogen sind, hatte zuvor schon durch einen brutalen Banküberfall auf sich aufmerksam gemacht. Batman und Lieutenant Gordon beschließen, den beliebten neuen Bezirksstaatsanwalt Harvey Dent, den Hoffnungsträger der Bevölkerung von Gotham, in ihren Kampf gegen das organisierte Verbrechen einzubinden. Dent ist mittlerweile mit Bruce Waynes Jugendliebe Rachel Dawes liiert.

Das US-Militär entwickelte das sogenannte Traum-Sharing, ein Verfahren zur Beeinflussung des Traumes eines nichtsahnenden Opfers. Angreifer können nicht nur Mitwirkende des Traumes sein, sondern können auch die Traumwelt erschaffen und kontrollieren. Aufbauend auf dieser Möglichkeit zur gemeinsamen Traumbegehung entwickelten Dominick Cobb und seine Frau Mal das Konzept vom Traum im Traum. Charakteristisch ist, dass die Zeit für den Träumenden im Traum erheblich schneller vergeht. Die Realität um ihn herum erscheint dem Träumenden daher langsamer. Dieser Eindruck verstärkt sich mit jeder weiteren Traumebene.

Nach dem Tod des Staatsanwalts Harvey Dent alias Two-Face nahm Batman die Schuld für dessen Verbrechen auf sich, um Dents Werk zu schützen. Er wurde vom Gotham City Police Department gejagt und zog sich daher als Bruce Wayne auf sein wiedererrichtetes Anwesen Wayne Manor zurück. Die Handlung des Films setzt acht Jahre später ein. Der berüchtigte Terrorist Bane leidet aufgrund einer früheren Verletzung unter ständigen Schmerzen und trägt eine Maske, die ihn mit einer Droge gegen den Schmerz versorgt. In Usbekistan entführt er den Atomphysiker Dr. Leonid Pavel aus einem Flugzeug der CIA. Er lässt noch im Flugzeug eine Bluttransfusion von Pavel in einen Leichnam vornehmen, damit dieser für tot gehalten wird.

Frankreich im Frühjahr 1940. Eine Gruppe englischer Soldaten durchstreift im Zweiten Weltkrieg die belagerte französische Küstenstadt Dünkirchen. Durch Flugblätter werden sie vom Feind zur Kapitulation aufgefordert. Plötzlich werden sie beschossen, und nur der Soldat Tommy kann fliehen. Er begibt sich über die Dünen, wo er auf den Soldaten Gibson trifft, der gerade einen Toten begräbt. Am Strand warten Tausende auf ihre Abholung, meist britische Soldaten, um in das rund 41 Kilometer entfernte England zurückzukehren. Um die langen Schlangen vor dem Pier zu umgehen, geben sich Tommy und Gibson als Sanitätshelfer aus und bringen einen Verwundeten auf ein Rot-Kreuz-Schiff.

Nach dem Tod Supermans in Batman v Superman: Dawn of Justice trauert die Welt um ihn. Zur gleichen Zeit kehrt auf Themyscira, der Insel, auf der die Amazonen leben, der Schurke Steppenwolf mit einer Armee aus Paradämonen auf die Erde zurück. Er hatte bereits vor tausenden von Jahren versucht, die Welt zu erobern, scheiterte jedoch gegen eine Allianz aus Olympischen Göttern, Amazonen, Menschen, Atlantern und Green Lanterns. Um seine Rückkehr zu verhindern, wurden drei Mutterboxen auf der Erde verteilt: Eine ging in die Hände der Amazonen, eine zu den Atlantern und die letzte wurde zu den Menschen gegeben. Nur mit ihrer vereinten Kraft wäre es Steppenwolf möglich, die Erde zu erobern. Bei seinem Angriff auf Themyscira schafft es Steppenwolf, die Mutterbox der Amazonen und wenig später die der Atlanter in seine Gewalt zu bringen. Nur die Mutterbox der Menschen, welche mittlerweile von der Organisation S.T.A.R. Labs bewacht wird, ist für ihn nicht auffindbar.

Bei einem Terroranschlag auf die Kiewer Oper greift eine Geheimtruppe mit vier CIA-Agenten ein, die sich als Angehörige der ukrainischen Spezialeinheit KORD (КОРД) tarnen. Sie befreien einen Informanten und stellen ein Objekt sicher, auf das es auch die Terroristen abgesehen haben. Einer der Agenten tauscht mit dem Informanten die Rolle. Als sie die im Opernsaal verteilten Sprengsätze der ukrainischen Spezialeinheit einsammeln, kommt ihnen ein unbekannter Schütze mit einer auffälligen roten Schnur an der Ausrüstung zu Hilfe, der eine Kugel in der Zeit zurückzubewegen scheint. Nach dem Einsatz werden der namenlose Protagonist und der falsche Informant von russischen Söldnern überwältigt und, da sie nicht die wahre Zielperson überbringen, gefoltert. Der Protagonist weigert sich zu reden und schluckt eine vermeintliche Selbstmordkapsel.