Die einstige Meerjungfrau Arielle lebt nun als Mensch mit Prinz Erik in seinem Schloss. Die beiden haben eine kleine Tochter namens Melody. Bei einer Zeremonie zu ihrer Taufe will Ursulas böse Schwester Morgana die Kleine entführen, um ihre tote Schwester zu rächen und endlich die Königin der Meere zu sein. Mit Hilfe von Triton und den anderen Meeresbewohnern gelingt es jedoch, das Mädchen zu retten. Morgana schwört Rache. Tritons Gefolge versucht, Morgana zu finden. Als die Suche jedoch erfolglos bleibt, fasst Arielle einen Entschluss: Sowohl Melody als auch sie selbst dürfen nicht ins Meer, ehe Morgana gefunden wird. Außerdem darf Melody von den Meermenschen und Atlantica nichts wissen, auch von ihrem Großvater, König Triton, nicht. Das Medaillon, das er Melody geschenkt hat, darf sie nicht behalten, da darin die Unterwasserstadt Atlantica und ihre Einwohner zu sehen sind. Enttäuscht wirft Triton Melodys goldenes muschelförmiges Medaillon, auf dem ihr Name steht, ins Meer.

Im Film wird die bekannte klassische Handlung von Rotkäppchen (im Film wird die US-Variation des Märchenstoffes tangiert) ein wenig abgewandelt und zum Krimi umgemünzt. Nachdem die aus dem Märchen bekannten Geschehnisse sich bis zum Haus der Großmutter zugetragen haben, sperrt die hiesige Waldpolizei (alles Tiere) dieses als Tatort ab. Polizeichef Grizzly übergibt anschließend sämtliche Verhörmaßnahmen an den Frosch-Detektiv Nicky Flippers, der alle Beteiligten nacheinander zum Hergang vernimmt. Hierbei stellt sich heraus, dass die Figuren nicht ganz ihren Vorlagen entsprechen: Rotkäppchen erweist sich als schlagfertiges Girlie mit Martial-Arts-Erfahrung...