Zwei Jahre sind vergangen, seit Jason Bourne, ehemaliger Auftragskiller der CIA, nach seinem Gedächtnisverlust seine ehemaligen Auftraggeber abgeschüttelt hat und mit seiner großen Liebe Marie in Goa in Indien untergetaucht ist. Nach wie vor wird Jason von Albträumen und Flashbacks aus seiner Vergangenheit geplagt; er sieht immer wieder eine Szene in einem Berliner Hotel, wo er und sein – mittlerweile von der CIA liquidierter – Boss am Schauplatz eines Mordes sind.

Um dem Geheimnis seiner Identität auf den Grund zu gehen, kontaktiert Bourne Simon Ross, einen Londoner Journalisten der Zeitung The Guardian, der Artikel über ihn schreibt. Während des Treffens mit Ross, bei dem Bourne dessen Quelle erfahren will, wird der Reporter mitten in der belebten Bahnhofshalle der Londoner Waterloo Station erschossen. Bourne erfährt jedoch zuvor, dass Operation Treadstone nicht beendet, sondern lediglich durch Operation Blackbriar ersetzt wurde, die quasi genauso agiert und als Treadstone-Upgrade fungiert. Er schafft es außerdem, einige Dokumente an sich zu nehmen, die ihn zu einer Adresse in Madrid führen.