Als Shreks Schwiegervater Harold, der Herrscher des Königreichs „Weit Weit Weg“, erkrankt, ernennt er Shrek zu seinem Nachfolger als König. Kurz darauf stirbt Harold. Da Shrek nicht den Wunsch hegt, König zu werden, begibt er sich zusammen mit seinen Freunden Esel und dem gestiefelten Kater auf die Suche nach Fionas Cousin Artus, dem nächsten Familienmitglied in der Thronfolge. Während Shrek davonsegelt, um Artus zu suchen, ruft Fiona ihm hinterher, dass sie schwanger sei, was bei Shrek im weiteren Verlauf des Films Albträume hervorruft. Er fürchtet sich vor der Verantwortung, die er als Vater hätte. Währenddessen versucht Prinz Charming, mittlerweile ein erfolgloser Schauspieler, den Thron von „Weit Weit Weg“ durch einen Staatsstreich zu übernehmen. Unterstützt wird er dabei von Captain Hook, der bösen Stiefmutter von Schneewittchen, einem Zyklopen, Rumpelstilzchen, Mabel, der hässlichen Stiefschwester, und einer Armee aus Hexen, Elben und Ents.

Mr. Peabody, ein sprechender Hund, ist der schlauste seiner Art. Er adoptierte den jungen Sherman, zog ihn als seinen Sohn auf und teilte mit ihm alle seine Erfindungen, unter anderem auch sein größtes Werk: eine Zeitmaschine. So verbringt Sherman einen nicht unwesentlichen Teil seiner Kindheit damit, sich diverse historische Ereignisse persönlich anzusehen – wie z. B. den Ausbruch der Französischen Revolution. Dort lernt Sherman die kuchenbegeisterte Königin Marie Antoinette kennen, muss allerdings kurz darauf zusehen, wie Maximilien de Robespierre Mr. Peabody als Aristokraten verhaftet und zur Guillotine schleift. Mr. Peabody entkommt dank seines Grips, liefert sich mit Robespierre ein Duell und flieht mit Sherman quer durch die Pariser Kanalisation. Anschließend diskutiert er mit seinem Sohn die philosophischen und politischen Seiten des Geschehens. Sherman fragt, welches Abenteuer als nächstes ansteht – am nächsten Tag ist sein erster Schultag.