1957: Professor Henry „Indiana“ Jones Jr. wird zusammen mit seinem Kollegen Mac von sowjetischen Agenten unter der Leitung von Oberst Dovchenko und Irina Spalko entführt. Er soll für sie in einer Lagerhalle im Militärkomplex Area 51 nach einer Kiste mit den Überresten eines nichtmenschlichen Wesens suchen. Während Jones versucht, zu entkommen und zu verhindern, dass die Russen die Kiste entwenden können, stellt sich Mac als Kollaborateur heraus. Jones flüchtet vor den Agenten, denen es gelingt, die Kiste zu entwenden. Auf der Flucht findet er sich auf einem Atomtestgelände wieder und überlebt die Explosion nur knapp, indem er sich in einem mit Blei ausgekleideten Kühlschrank in Sicherheit bringt.