Im Jahr 2122 ist das Raumschiff Nostromo, ein Erzfrachter der Firma Weyland-Yutani, nach einer langen Reise durch den Weltraum auf dem Rückweg zur Erde, als es ein Funksignal von einem weitab vom Heimatkurs liegenden, scheinbar unbewohnten Himmelskörper bei Zeta2 Reticuli auffängt. MU/TH/UR (gesprochen wie das englische mother, übersetzt: „Mutter“) 182, der Zentralcomputer des Raumschiffs, ändert selbstständig den Kurs und weckt die Besatzung, die sich bis dahin im Kälteschlaf befunden hat. Das Signal wird zunächst als Notsignal interpretiert. Aufgrund eines allgemeinen Protokolls ist man verpflichtet, diesem Signal zu folgen und Hilfe zu leisten.

Nachdem Ellen Ripley, die kleine Newt, Corporal Hicks und der Android Bishop von LV 426 entkommen sind und sich mit dem Raumschiff USS Sulaco auf dem Rückweg zur Erde befinden, bricht wegen des säurehaltigen Blutes eines Facehuggers („Gesichtsumklammerer“, der Menschen zu Wirten des Aliennachwuchses macht) auf einem Zwischendeck ein Feuer aus. Eine Rettungskapsel wird abgesprengt und macht eine Bruchlandung auf dem Planeten Fiorina, auf dem sich nur „Fury 161“, eine Strafkolonie für Schwerstverbrecher mit dem XYY-Syndrom, befindet.

Zu Beginn steht ein menschenähnlicher Hüne in einer urtümlichen Landschaft an der Kante eines großen Wasserfalls. Nachdem er aus einer kleinen Schale eine dunkle Flüssigkeit getrunken hat, beginnt sich sein Körper zu zersetzen und fällt in die Fluten. Im Wasser setzt sich seine zerfallene DNS neu zusammen und bildet neue Zellen, die sich teilen. Im Jahr 2089 findet das Archäologenpaar Elizabeth Shaw und Charlie Holloway in einer Höhle auf der schottischen Insel Skye steinzeitliche Wandmalereien, die riesenhafte Wesen und eine Sternenformation zeigen. Shaw deutet die Szene als eine Schöpfungsgeschichte von Außerirdischen sowie eine Einladung: Die von ihr „Konstrukteure“ (der Menschen) genannten Schöpfer wünschen sich, so ihre Vermutung, von ihren Geschöpfen besucht zu werden. Als ihre Heimat wird der Mond LV-223 im 36,5 Lichtjahre entfernten Sternsystem Zeta2 Reticuli identifiziert.