Von der Erziehung einer Alt-68er-Therapeutin geprägt, deren Kern sich vor allem durch Regelfreiheit und penetrante Unkonventionalität zeigte, hat Lena Schneider sich zum Gegenteil ihrer Mutter Doris entwickelt. Sie versucht, alles zu kontrollieren, und lehnt Gefühle strikt ab. Zur Feier ihres Abiturs steht ein Thailandurlaub an. Während Doris von gemeinsamen Partynächten träumt, möchte Lena im Urlaub nur lesen und ihre Mutter auf Abstand halten. Gleichzeitig planen auch die Öztürks einen Thailandurlaub und brechen zum Flughafen auf. Auf dem Weg dorthin begegnen sich die beiden Familien an einer roten Ampel und sitzen auch im Flugzeug nebeneinander.

Der Bankräuber Zeki Müller wird aus dem Gefängnis entlassen. Er macht sich auf die Suche nach der Beute, um seine bei dem Bordellbetreiber Attila aufgelaufenen Schulden zu begleichen. Zekis Freundin Charlie hatte dreizehn Monate zuvor das Geld auf einer Baustelle vergraben, da sie glaubte, dass dort nur Rohre verlegt würden. Zeki lokalisiert die Beute mittels GPS unter einer neu errichteten Turnhalle der Münchner Goethe-Gesamtschule. Um an sein Geld heranzukommen, bewirbt sich Zeki um die freie Stelle des verstorbenen Hausmeisters, wird allerdings auf Grund eines Missverständnisses als Aushilfslehrer eingestellt.

Der ehemalige Bankräuber Zeki Müller zweifelt an seiner Tauglichkeit, weiter als Lehrer an der Goethe-Gesamtschule zu arbeiten. Er versucht sein Führungszeugnis mit Photoshop zu überarbeiten. Auch eine Akupunkturtherapie, zu der ihn seine Freundin Elisabeth „Lisi“ Schnabelstedt gezwungen hat, kann seinen gegenwärtigen psychischen Zustand nicht verbessern. Als er erfährt, dass ein verstorbener, ehemaliger Komplize seine Beute auf der Flucht im Tank von Zekis Auto versteckt hat, kann er tatsächlich Diamanten im Wert von mehreren zehntausend Euro bergen. In der Absicht, demnächst als Lehrer zu kündigen, versteckt er sie zu Hause in einem Plüschtier. Dieses wird jedoch kurz darauf von Lisi eingesammelt und in einen Spendencontainer des Schillergymnasiums gesteckt. Zeki stürmt in die Konkurrenzschule, wo er auf den überengagierten Lehrer Hauke Wölki trifft. Es stellt sich jedoch heraus, dass der Container bereits auf dem Weg zur Partnerschule nach Thailand ist.

Der Film setzt einige Zeit nach den Ereignissen von Fack ju Göhte 2 ein. Lisi hat Zeki mittlerweile verlassen und wohnt in England. Zeki hingegen ist immer noch Lehrer an der Goethe-Gesamtschule, dort versucht er, die Klasse 11b auf das anstehende Abitur vorzubereiten. Nachdem die Schüler jedoch bei einem Berufswahltest des Berufsinformationszentrums miserable Zukunftschancen prophezeit bekommen, sinkt ihre ohnehin nicht große Motivation auf den Nullpunkt. Zusätzlich werden bei einer Inspektion der Schule durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung die dort herrschenden katastrophalen Zustände aufgedeckt. Der zuständige Sachbearbeiter Eckhart Badebrecht droht damit, die Schule zu schließen, sollten sich die Verhältnisse nicht bessern. Überprüft werden soll die Verbesserung in einem Leistungstest für die 11. Klasse – Zekis Klasse. Besonders Zeki will um jeden Preis dafür sorgen, dass der Leistungstest gut ausfällt, da Rektorin Gerster droht, ansonsten mit seiner Vergangenheit zur Polizei zu gehen.