In der fiktiven Stadt Municiberg kämpft eine Vielzahl von Superhelden im Jahre 1947 gegen das Verbrechen. Eine der führenden Figuren ist der superstarke Mister Incredible. Noch auf dem Weg zur Hochzeit mit seiner Superheldenkollegin Elastigirl, die ihren Körper wie Kaugummi verbiegen und dehnen kann, stellt er sich in den Dienst der Bürger. So verhindert er einen Selbstmord, stellt nach einer wilden Verfolgungsjagd einen Räuber, vereitelt einen Bombenanschlag des Superverbrechers Bomb Voyage und muss sich währenddessen der Zudringlichkeit eines jugendlichen Fans namens Buddy Pine erwehren, der sich Incrediboy nennt und nur zu gerne sein Sidekick werden möchte, was Mr. Incredible jedoch entschieden ablehnt.

Der Held des Films, Rémy, ist eine Wanderratte vom Lande mit einem selbst für Ratten ungewöhnlich feinen Geruchssinn. Neben einem kurzen Einsatz als Giftschnüffler für seine Rattenfamilie entwickelt er die Fähigkeit und die Liebe zu kulinarischen Kompositionen. Allein schon für Zutaten zum leckeren Essen begibt er sich in Lebensgefahr. Einer erschreckt wütenden Hausfrau können er und seine Sippe entkommen, bei der Flucht verliert er aber Familie und Freunde aus den Augen. Es verschlägt ihn zufällig durch lange Abwasserröhren nach Paris in die Nähe eines Feinschmecker-Lokals, welches sein verstorbenes Vorbild Gusteau, ein besonders dicker und gutmütiger Koch, früher geführt hat.

Der Film knüpft direkt an das offene Ende des ersten Filmes an, als ein anthropomorpher Maulwurf namens „Der Tunnelgräber“ die Stadt bedroht und Familie Parr sich ihm entgegenstellt. Sie halten ihn auf, dadurch entsteht aber Schaden in der Stadt. Das Programm, das Superhelden finanziell unterstützt, wird eingestellt. Helen und Bob Parr müssen in ein Hotelzimmer gehen. Ein Fan von Superhelden bietet ihn an, ihnen ein Haus zu stellen, wenn Helen (als Elastigirl) wieder Verbrechen bekämpft. Unterdessen bleibt Bob (alias Mr. Incredible) zu Hause, versucht seinen Kinder Violetta und Flash im Alltag zu helfen und entdeckt Jack-Jacks bis dahin verborgene Superkräfte. Jack-Jack hat diverse, verschiedene Superkräfte.