Nach den Ereignissen von Underworld: Evolution haben die Menschen entdeckt, dass sich zwei Mutationen des Homo sapiens entwickelt und jahrhundertelang unentdeckt auf der Erde gelebt haben. Es beginnt eine kriegerische Säuberungsaktion der Menschen gegen Vampire und Lykaner (Werwölfe), die mit deren beinahe vollständiger Auslöschung endet. Auf der Flucht wird Selene mit Michael gefangen genommen und kryokonserviert.