Zahlreiche Medienleute eilen zu der Bestattung von Larry Maretto, dem Ehemann von Suzanne Stone. Stone steht unter dem Verdacht, am Tod ihres Ehemanns mitschuldig zu sein. Daraufhin erzählen Stone und die Schwester des Getöteten, Janice Maretto, über die Hintergründe.

Der 20-jährige Will Hunting bewohnt in einer heruntergekommenen Gegend in South Boston eine nur spärlich möblierte Wohnung und verbringt seine Freizeit mit seinen Freunden Chuckie, Billy und Morgan mit Baseballspielen und anschließenden Trinkgelagen in Bars. Zudem prügelt er sich gerne. Er kann bereits einige Vorstrafen vorweisen, die von Körperverletzung bis zum Autodiebstahl reichen. Sein Geld verdient er mit diversen Hilfsarbeiter-Tätigkeiten. Derzeit arbeitet er als Reinigungskraft an dem renommierten Massachusetts Institute of Technology in Cambridge, wo er die Flure wischt.

„Teena“ lässt sich im Trailer seines Cousin Lonny von diesem die Haare kurz schneiden und trifft sich daraufhin das erste Mal als Junge zu einer romantischen Verabredung mit einem Mädchen in einer Skate Disco. Diesem stellt er sich als Billy vor und das Date endet final, während er das Mädchen schließlich wieder nach Hause begleitet, mit einem Kuss.

Der Film hat keine Handlung im klassischen Sinn und ist nicht chronologisch aufgebaut. Er zeigt in sechs verschiedenen Handlungssträngen Figuren, anhand derer Facetten aus dem Leben von Bob Dylan dargestellt werden. Die Episoden wandeln zwischen realen, verbürgten Szenen und philosophischen, abstrakten Metabetrachtungen. Unter anderem wird gezeigt, wie Dylan im Jahr 1965 anfängt, die elektrische Gitarre (Fender Stratocaster) zu spielen (anhand der filmischen Figur Jude Quinn). Außerdem wird in Anlehnung an den Western Pat Garrett jagt Billy the Kid, zu dem Dylan den Soundtrack schrieb, Richard Gere als Billy the Kid gezeigt (als Parallele zu dem älteren Bob Dylan), der anfangs nur ein ruhiges Leben führen will und dann in einer Art Comeback seinen alten Widersacher Pat Garrett ein letztes Mal überlistet.

An der Nordostküste der USA häufen sich in Großstädten ungeklärte Fälle von Suizid. Ein Mädchen sitzt auf einer Parkbank in New York und ersticht sich plötzlich. Massenweise stürzen sich Bauarbeiter von einem Gebäude, das sie gerade renovieren. Der mit Alma verheiratete Elliot Moore arbeitet als Biologielehrer in Philadelphia. Er ist mit seinem Kollegen Julian befreundet. Moore diskutiert gerade mit seinen Schülern darüber, dass in den Vereinigten Staaten auf ungeklärte Weise Bienen verschwinden, als ihn und die Kollegen die Nachrichten über die Selbstmorde in New York erreichen. Die Behörden gehen zunächst von einem terroristischen Angriff mit Giftgas aus. Der Schulunterricht wird eingestellt.