Die Geschichte spielt in Berlin und beginnt mit Lolas Freund Manni, der als Kurier für einen Hehler arbeitet und sie aus einer Telefonzelle anruft. Er hat versehentlich einen Stoffbeutel mit 100.000 Mark in der U-Bahn liegen lassen, unter anderem weil er verwirrt war, dass Lola ihn nicht wie abgesprochen abgeholt hat (ihr Moped wurde gestohlen, als sie Zigaretten holen gegangen ist). Er sieht nur noch, wie ein Obdachloser das Geld findet. Nun bleiben Manni noch 20 Minuten, bis sein Auftraggeber kommt, um das Geld abzuholen. Das sind auch 20 Minuten für Lola, um ihrem Freund aus der Patsche zu helfen.

Hauptfigur ist die intelligente und ehrgeizige Münchner Medizinstudentin Paula, die während des Sommers einen Anatomie-Kurs bei dem angesehenen Professor Grombek der Universität Heidelberg belegen will. Damit will sie ihrem Großvater nacheifern, der einige bedeutende Forschungsergebnisse in der modernen Medizin vorweisen kann. Ihr Vater hingegen ist Hausarzt und lehnt die Karrierevorstellung seiner Tochter ab. Kurz vor ihrer Abreise nach Heidelberg besucht sie ihren Großvater noch einmal, der jetzt im Sterben liegt.

George Jung wächst in einer mittelständischen Familie auf. Sein geliebter Vater Fred arbeitet als Heizungsinstallateur, kann die narzisstische Mutter jedoch finanziell nicht zufriedenstellen. Schon bald wird George klar, dass er nie so leben möchte. Nach der Schulzeit zieht er mit seinem Freund Tuna nach Kalifornien. Es ist die Zeit der Hippies. Am Strand lernt er Marihuana und die Stewardess Barbara kennen. Durch sie kommt er mit dem Herrenfriseur Derek Foreal zusammen, dem örtlichen Marihuana-Dealer. George steigt ins Dealergeschäft ein und kann sich bald mit Hilfe von Barbara, die als Stewardess zwischen den Küsten pendelt, auch an der Ostküste einen großen Kundenstamm aufbauen.

Zu Beginn des Films ziehen italienische Fischer einen bewusstlosen Mann aus dem Mittelmeer. Er hat keine Erinnerung an sein früheres Leben, dafür aber zwei Kugeln im Rücken, unter der Haut ein Laserimplantat mit der Nummer eines Schweizer Bankschließfachs und eine enorm gute Auffassungsfähigkeit. Auf der Suche nach seiner Identität findet er in Zürich im Bankschließfach eine Waffe, ein halbes Dutzend gefälschter Reisepässe und Banknoten verschiedener Währungen in großen Mengen. Im ersten Pass, einem US-amerikanischen, der separat von den anderen oben im Koffer liegt und den er als erstes aufschlägt, steht der Name Jason Bourne.

Zwei Jahre sind vergangen, seit Jason Bourne, ehemaliger Auftragskiller der CIA, nach seinem Gedächtnisverlust seine ehemaligen Auftraggeber abgeschüttelt hat und mit seiner großen Liebe Marie in Goa in Indien untergetaucht ist. Nach wie vor wird Jason von Albträumen und Flashbacks aus seiner Vergangenheit geplagt; er sieht immer wieder eine Szene in einem Berliner Hotel, wo er und sein – mittlerweile von der CIA liquidierter – Boss am Schauplatz eines Mordes sind.

Bruno und Michael sind Halbbrüder. Ihre Mutter Jane schiebt sie zu unterschiedlichen Großmüttern ab, sodass beide zunächst nicht voneinander wissen. Nachdem sich der sexuell frustrierte Literaturlehrer Bruno, der in seiner Freizeit rechtsradikale Texte verfasst, seiner Schülerin Johanna unsittlich genähert hat, begibt er sich freiwillig in psychiatrische Behandlung zu Frau Dr. Schäfer. Ihr offenbart er, dass sein bisheriges Leben aus einer Aneinanderreihung von Tiefpunkten und Rückschlägen bestand. Mit zwei Jahren hat ihn seine Mutter verlassen, um nach Puna auszuwandern, weshalb er bei seiner Großmutter aufwuchs.

In den ersten Bildern ist im Anschnitt ein Fernseher zu sehen, auf dem Fidel Castro am 3. Oktober 1965 den letzten Brief des Che Guevara verliest. Es folgen Abschiedsszenen, der Weg nach Bolivien bis zum künftigen Lager wird nachgezeichnet. Weitere Kämpfer aus Kuba, Bolivien und anderen Ländern Lateinamerikas stoßen dazu, der „Alltag“ der Guerilla beginnt. Tamara „Tania“ Bunke knüpft in La Paz Kontakte, und in Havanna besprechen Fidel und der französische Journalist Régis Debray Hilfsmaßnahmen. Andeutungsweise wird dabei erwähnt, dass Che offenbar einen anderen als den vorher ins Auge gefassten Operationsraum ausgewählt hat.

Auf der Beerdigung ihres Vaters sehen sich die beiden Brüder Christian und Georg zum ersten Mal seit vielen Jahren wieder. Während Georg als Tischler im Schwarzwälder Heimatort Löchingen blieb und den krebskranken Vater bis zuletzt pflegte, ist Christian ein erfolgreicher und weitgereister Geschäftsmann. Die beiden sind sich zunächst fremd, vor allem Georg lehnt seinen so lange abwesenden Bruder ab. Doch bei Tischtennis und Alkohol finden beide wieder zueinander und beschließen spontan, mit ihren Mofas die Deutschlandreise nachzuholen, die sie als Fünfzehnjährige vorhatten. Der Plan sieht eine Reihe von Aufgaben vor: sich beim Griechen einmal durch die Speisekarte essen, eine Arschbombe vom Zehner machen, Sex haben, einen 20-m-Wheelie hangabwärts machen, eine schlafende Kuh umwerfen, in Timmendorfer Strand ins Meer pinkeln.