Der 15-jährige Daniel LaRusso zieht mit seiner alleinerziehenden Mutter von Newark in New Jersey nach Reseda in Kalifornien. Während seine Mutter das sonnige Kalifornien in der Vorfreude auf eine neu aufzubauende Existenz als Paradies auf Erden verklärt, tut sich Daniel mit seiner neuen Heimat erheblich schwerer. Immerhin trifft er im neuen Apartmentkomplex auf den eigenwilligen, aber freundlichen und hilfsbereiten Hausmeister Kesuke Miyagi.

Tommy, der Jason im vierten Teil töten konnte und im fünften Film versuchte seine psychischen Probleme in den Griff zu bekommen, sieht keine andere Wahl diese zu bekämpfen, als sich selbst zu überzeugen, dass Jason wirklich tot ist. In Ein neuer Anfang wird sogar angedeutet, Jason wäre eingeäschert worden, doch genaue Fakten sind Tommy unbekannt. Mit einem Freund fährt er zu Jasons Grab und gräbt dessen Leichnam wieder aus, um die Überreste zu verbrennen. Unglücklicherweise wird Jason durch den Blitzschlag eines nahenden Gewitters wieder zum Leben erweckt und ist von nun an mit übermenschlichen Kräften ausgestattet, die er an Tommys Freund demonstriert – er reißt ihm das Herz heraus.

Seit einem Mordversuch an ihm – bei dem aber sein Sohn ums Leben kam – jagt der FBI-Agent Archer den Terroristen Troy. Nachdem ihm schließlich die Festnahme von Castor und seinem Bruder Pollux gelungen ist, liegt der ältere Castor im Koma und muss künstlich am Leben erhalten werden, während Pollux ins Hochsicherheitsgefängnis Erehwon eingewiesen wird. Bei der Untersuchung von Pollux Troys Unterlagen stellt sich jedoch heraus, dass die Brüder an einem unbekannten öffentlichen Platz in Los Angeles eine Bombe scharf gemacht haben, die in wenigen Tagen detonieren wird.