Lt. Colonel Nat Serling wird mit der Aufgabe betraut, einen Bericht über einen Einsatz von Captain Karen Walden zu schreiben. Walden war während des Zweiten Golfkriegs Kommandantin eines MedEvac-Hubschraubers und bei einem Rettungseinsatz für die Besatzung eines abgeschossenen Black Hawk-Transporthubschraubers gefallen. Für ihren Mut soll ihr posthum als erster Frau die Medal of Honor verliehen werden, die höchste Auszeichnung des US-Militärs.

Der New Yorker Taxifahrer Jerry Fletcher stellt seit geraumer Zeit der Staatsanwältin Alice Sutton nach und belästigt sie mit wirren Verschwörungstheorien. Eines Tages wird er entführt und von Dr. Jonas gefoltert. Fletcher kann fliehen, nachdem er seinem Peiniger in die Nase gebissen hat. Im Foyer des Justizministeriums wird Fletcher verhaftet und in ein Krankenhaus gebracht. Als Sutton in das Krankenhaus kommt, sind dort bereits Vertreter zahlreicher Bundesbehörden und Organisationen versammelt. Agent Lowry stellt sich als Mitarbeiter des FBI vor. Dr. Jonas wird als für die CIA tätiger Psychiater vorgestellt, seine Nase ist verletzt. Der Frage von Alice nach der Verletzung kommt er zuvor, indem er von sich aus erzählt, dass sie von einem Hund stamme. Fletcher bittet Sutton, seine Krankenakte mit der seines Zimmernachbarn zu tauschen, da er um sein Leben fürchtet. Zunächst bleibt offen, ob Sutton ihm diesen Wunsch erfüllt hat.

Der Erfolg des letzten Halloween-Streifens, H20, veranlasste die Macher, Resurrection noch moderner zu gestalten: Michael Myers landet in einer Reality-TV-Show. Der Prolog zeigt Laurie Strode in einer Nervenheilanstalt. Sie ist sichtlich gezeichnet von den Ereignissen der Vergangenheit. Einige Tage vor Halloween dringt Michael Myers in die Anstalt ein. Er tötet zwei Aufseher und begibt sich auf die Suche nach seiner Schwester Laurie. Laurie flüchtet auf das Dach, wo sie im Vorfeld bereits eine Falle für Michael aufgebaut hat, da sie sich sicher war, dass er sie finden würde. Ihr Vorhaben, ihren Bruder auszuschalten, misslingt, sie wird von Michael erstochen und stürzt vom Dach.

Der Film besteht aus drei ineinander verwobenen Handlungssträngen, die insgesamt eine Zeitspanne von 1000 Jahren umfassen. Im Jahr 1535 sucht der spanische Conquistador Tomás nach dem Baum des Lebens, der am Jungbrunnen im Reich der Maya wachsen soll, um dessen Saft seiner geliebten Königin Isabel zu bringen, um sie vor dem Tod zu bewahren.