Der Film spielt am Anfang des 18. Jahrhunderts, als sich die schottische Gesellschaft im Umbruch befindet. Das alte Clansystem verschwindet langsam und arme Schotten wandern nach Nordamerika aus, um dort eine neue Existenz aufzubauen. Der Schotte Robert Roy MacGregor lebt als gesetzestreuer britischer Untertan in der Nähe einer kleinen Stadt in den Highlands. Um einen größeren Rinderhandel durchzuführen, leiht er sich vom Markgraf von Montrose die Summe von 1000 Pfund. Das Geld wird allerdings vom bösartigen Archibald Cunningham, einem Günstling und unehelichen Sohn von Montrose, gestohlen. Dieser ermordet heimlich den Freund MacGregors, der im Begriff ist, MacGregor das Geld zu überbringen.

Ende des 13. Jahrhunderts beansprucht König Eduard I. von England, genannt „Edward the Longshanks“, den Thron Schottlands, und lockt mehrere schottische Unterhändler in einen Hinterhalt, wo er alle Gesandten trotz Parlamentärsflagge töten lässt. In den darauf folgenden kriegerischen Auseinandersetzungen werden Williams Vater und Bruder getötet. Nach der Beerdigung wird William als achtjährige Waise von seinem Onkel Argyle, der in Irland lebt, aufgenommen und erhält von ihm eine angemessene Erziehung.

Danny Flynn kommt 1992 nach vierzehn Jahren Haft aus dem Gefängnis in Belfast, nachdem er als 18-Jähriger die Schuld des IRA-Aktivisten Harry für einen Bombenanschlag übernahm. Seitdem hat er sich von der IRA distanziert. Trotzdem zieht es ihn zurück in den katholisch dominierten Teil Belfasts, wo der frühere Boxer mit seinem früheren Trainer Ike eine überkonfessionelle Boxschule eröffnen will. Danny trifft auf Maggie, seine frühere Freundin, zu der er seit seiner Inhaftierung jeden Kontakt abbrach. Obwohl sie ihn liebt, heiratete sie schließlich ein anderes IRA-Mitglied und wurde Mutter. Mittlerweile sitzt ihr Mann selber in Haft. Die Gefühle von Danny und Maggie flammen wieder auf. Ihrer Beziehung stehen aber nicht nur die familiären Bindungen entgegen, sondern auch die komplizierten Verhältnisse im Umfeld der IRA, in der die Frauen inhaftierter Kämpfer eine ganz besondere Wertschätzung genießen. Außerdem gibt es Komplikationen wegen Streitereien um die zukünftige Ausrichtung der Organisation.

Der 15-jährige Sonderling Max Fischer besucht die 10. Klasse der renommierten Privatschule Rushmore. Er ist ein engagierter Schüler, der Theaterstücke schreibt und sich an zahlreichen Projekten und Gruppen beteiligt. Seine Noten bleiben jedoch weit hinter den Erwartungen seiner Lehrer zurück und auch bei seinen Mitschülern ist Max nicht sehr beliebt. In dem erfolgreichen, aber deprimierten Geschäftsmann Herman Blume findet er einen Förderer und Freund.

Jimmy Morris wächst als Sohn eines Navy-Offiziers auf, der häufig umzieht. Er wird Baseballspieler und dann – nach einer Verletzung – Chemielehrer sowie Coach einer High-School-Mannschaft. Morris gibt als Erwachsener seinem geschiedenen Vater die Schuld an seinen Misserfolgen.

Zu Beginn des Films ziehen italienische Fischer einen bewusstlosen Mann aus dem Mittelmeer. Er hat keine Erinnerung an sein früheres Leben, dafür aber zwei Kugeln im Rücken, unter der Haut ein Laserimplantat mit der Nummer eines Schweizer Bankschließfachs und eine enorm gute Auffassungsfähigkeit. Auf der Suche nach seiner Identität findet er in Zürich im Bankschließfach eine Waffe, ein halbes Dutzend gefälschter Reisepässe und Banknoten verschiedener Währungen in großen Mengen. Im ersten Pass, einem US-amerikanischen, der separat von den anderen oben im Koffer liegt und den er als erstes aufschlägt, steht der Name Jason Bourne.

Der Drehbuchautor Charlie Kaufman, dessen Drehbuch zu Being John Malkovich mehrere Auszeichnungen erhalten hat, ist ein Neurotiker mit geringem Selbstbewusstsein, der mit seinem arbeitslosen Zwillingsbruder Donald in Kalifornien lebt. Er erhält den Auftrag, das Buch „Der Orchideendieb“ von Susan Orlean zu adaptieren, eine Biografie über John Laroche. Kaufman ist vom Buch begeistert und möchte so nahe wie möglich an der Vorlage bleiben, verzweifelt jedoch immer mehr an dem Werk, da es keine richtige Handlung aufweist und die Figuren keine Entwicklung durchlaufen. Indessen beschließt Donald, sich ebenfalls an einem Drehbuch zu versuchen, und schreibt mit Hilfe eines Kurses von Robert McKee einen klischeehaften Serienmörderfilm. Er versucht, Charlie zu helfen, doch dieser weigert sich, Hilfe von einem Amateur anzunehmen. Stattdessen beschließt er, den Film von seinen eigenen Problemen bei der Adaption handeln zu lassen.

König Agamemnon von Mykene hat die Griechen nach und nach unterworfen und zu einem losen Staatenbund vereinigt. Als er mit seiner Streitmacht Triopas' Armee gegenübersteht, vereinbaren sie, dass jeder seinen besten Krieger schicken solle, so dass dieses Duell anstelle einer Schlacht über Sieg und Niederlage entscheiden soll. Triopas schickt den Hünen Boagrius, Agamemnon schickt Achilles, den größten Krieger seiner Zeit. Achilles und Agamemnon hassen sich gegenseitig und Achilles ordnet sich diesem König nur widerwillig unter. Er besiegt Boagrius ohne große Mühe und Triopas unterwirft sich Agamemnon. Thessalien gehört ab jenem Moment Agamemnon.

Zwei Jahre sind vergangen, seit Jason Bourne, ehemaliger Auftragskiller der CIA, nach seinem Gedächtnisverlust seine ehemaligen Auftraggeber abgeschüttelt hat und mit seiner großen Liebe Marie in Goa in Indien untergetaucht ist. Nach wie vor wird Jason von Albträumen und Flashbacks aus seiner Vergangenheit geplagt; er sieht immer wieder eine Szene in einem Berliner Hotel, wo er und sein – mittlerweile von der CIA liquidierter – Boss am Schauplatz eines Mordes sind.

Chris Wilton, der aus einfachen Verhältnissen aus Irland stammt und seine Karriere als Tennisprofi aufgegeben hat, kommt nach London, um als Tennislehrer in einem exklusiven Club zu arbeiten. Dort schließt er Bekanntschaft mit dem reichen Tom Hewett, der einer Industriellenfamilie entstammt und Mitglied der Londoner Prominenz ist. Chris scheint sich, wie Tom, für die Oper zu interessieren, und bald wird Chris zum gern gesehenen Gast im Hause der Familie. Der Vater Alec Hewett ist von Wilton beeindruckt, außerdem verliebt sich seine Tochter Chloe in ihn. Die beiden verabreden sich und beginnen bald eine Liebesbeziehung.

Dave Toschi und Bill Armstrong leiten beim San Francisco Police Department (SFPD) die Ermittlungen in mehreren Mordfällen, die alle von einer Person begangen wurden, die sich Zodiac nennt. Er schickt handschriftlich verfasste Briefe mit Hinweisen und Details, die nur der Mörder und die Polizei wissen können, an mehrere Zeitungen in San Francisco, darunter auch an den San Francisco Chronicle. Der charismatische Journalist Paul Avery und der 24-jährige Karikaturist Robert Graysmith beginnen damit, Recherchen anzustellen. Nach einigen weiteren angekündigten Morden nimmt Zodiac öffentlich Kontakt zum Star-Anwalt Melvin Belli auf, dessen Versuche, den Täter zur Aufgabe zu bewegen, nicht von Erfolg gekrönt sind. Zwar haben die Polizisten Toschi und Armstrong nach einiger Zeit einen Hauptverdächtigen namens Arthur Leigh Allen, allerdings stimmen weder die Handschrift noch die Fingerabdrücke überein, sodass Allen aus der Untersuchungshaft entlassen werden muss.

Frank Moses ist ein pensionierter CIA-Top-Agent. Da er sich einsam fühlt, ruft er allmonatlich bei seiner Pensionsstelle an, vorgeblich um sich zu beschweren, dass der Scheck nicht eingetroffen sei, tatsächlich aber, um mit der Sachbearbeiterin Sarah zu plaudern. Bei einem dieser Gespräche kündigt Moses an, nach Kansas City zu fahren, wo Sarah arbeitet. Sarah bietet ihm an, sich zu melden, wenn er dort sei. Nachts wird Moses in seinem Haus von einem Killerkommando überfallen. Es gelingt ihm, alle Angreifer kampfunfähig zu machen und sein völlig zerstörtes Haus mit dem Notwendigsten zu verlassen. In Sarahs Heimatstadt eingetroffen, dringt er in ihre Wohnung ein und wartet auf sie. Er sieht Sarah wegen ihrer zahlreichen Telefonate ebenfalls in Gefahr und entführt sie schließlich, da sie ihm nicht glaubt, in ein Motel.

Gerade dabei, mit seiner Freundin Sarah Ross ein normales Leben zu führen, wird Frank Moses während eines Einkaufes in einem Supermarkt von Marvin Boggs nahegelegt, sich nicht in Sicherheit zu wiegen, da es immer noch genug Menschen gäbe, die ihm nach dem Leben trachteten. Frank hört Marvin zwar zu, lehnt es aber ab, wieder in alte Verhaltensweisen zu verfallen. Nachdem er Marvin stehengelassen hat und Sarah gegenüber versucht zu beschwichtigen, werden die beiden Zeugen, wie das Auto von Marvin in dem Moment explodiert und durch die Luft fliegt, als er vom Supermarktparkplatz fahren will.

Im Jahr 1963 entsteht bei der BBC die Idee einer neuen Science-Fiction-Serie um einen schrulligen alten Mann, der als Der Doctor bezeichnet wird und mit einer blauen Notrufzelle durch Raum und Zeit reist. Die junge Verity Lambert wird vom BBC-Direktor

Sir Michael Gifford ist ein Theaterschauspieler, der sich vor allem als Shakespearedarsteller einen Namen gemacht hat. Mittlerweile ist er an Parkinson erkrankt und inkontinent. Seine Tochter Sophia und eine ehemalige Geliebte, Milly, kümmern sich um ihn. Keine der Frauen kommt aber gut mit dem egozentrischen alten Herrn aus, der zu Wutausbrüchen neigt, sich in Selbstmitleid ergießt und einfach unleidlich ist. Die junge Ungarin Dorottya, die Schauspielerin werden will und gerne von Sir Michael unterrichtet würde, sorgt liebevoll und einfühlsam für ihn. Durch ihre offene, direkte Art und ihre gemeinsamen Liebe zu Shakespeare haben sie einen Draht zueinander.