Die Handlung beginnt kurze Zeit nach dem Ende des ersten Films. Neo, der sich nun seiner Kräfte bewusst ist, zweifelt immer noch daran, der Auserwählte zu sein. Derweil bereiten sich die Maschinen darauf vor, Zion, die Stadt der Menschen, einzunehmen. Im weiteren Verlauf der Geschichte begibt sich die Besatzung der Nebukadnezar auf den Weg nach Zion, um die dortige Bevölkerung auf den bevorstehenden Krieg einzuschwören und um den Ältestenrat von einer Gegeninitiative zu überzeugen. Gegen den Willen des obersten Zuständigen für die Verteidigung von Zion, Commander Lock, bekommt Morpheus die Erlaubnis des Ältestenrates für seine Gegeninitiative. Ihm schließen sich die Mannschaften zweier weiterer Schiffe an. Die Handlung splittet sich hier in zwei Stränge, wobei einer innerhalb der Matrix spielt und einer in der realen Welt.

Nach einer Māori-Sage kam vor tausenden Jahren der Urahn Paikea auf einem Wal reitend an die neuseeländische Küste und gründete das Dorf Whangara. Seitdem trägt das Oberhaupt des Stammes den Namen Paikea und vererbt diesen an den Erstgeborenen der männlichen Nachkommen. Nun soll in einer Maori-Familie ein neuer männlicher Nachfahre geboren werden. Doch die Geburt geht schief: Die Mutter bekommt Zwillinge, allerdings sterben die Mutter und der männliche Zwilling dabei. Nur der weibliche Zwilling überlebt. Dennoch benennt der Vater Porourangi seine Tochter Paikea, sehr zum Ärger des Großvaters und Dorfchefs Koro, dem bewusst ist, dass dies gegen die Maori-Tradition verstößt, da der Titel nur vom erstgeborenen männlichen Nachkommen getragen werden darf.