Zu Beginn des Films ziehen italienische Fischer einen bewusstlosen Mann aus dem Mittelmeer. Er hat keine Erinnerung an sein früheres Leben, dafür aber zwei Kugeln im Rücken, unter der Haut ein Laserimplantat mit der Nummer eines Schweizer Bankschließfachs und eine enorm gute Auffassungsfähigkeit. Auf der Suche nach seiner Identität findet er in Zürich im Bankschließfach eine Waffe, ein halbes Dutzend gefälschter Reisepässe und Banknoten verschiedener Währungen in großen Mengen. Im ersten Pass, einem US-amerikanischen, der separat von den anderen oben im Koffer liegt und den er als erstes aufschlägt, steht der Name Jason Bourne.

Prof. Dr. David Gale ist ein hoch angesehener Philosophieprofessor und ein bekannter Aktivist gegen die Todesstrafe. Eine Studentin, die „alles“ getan hätte, um bessere Noten zu bekommen, verführt ihn auf einer Party. Später erstattet sie gegen Gale Anzeige wegen Vergewaltigung. Trotz eines Freispruchs im anschließenden Verfahren gerät sein Leben völlig aus den Fugen. Seine Frau verlässt ihn, er verliert seinen Job und sein ohnehin schon erhebliches Alkoholproblem wird noch schlimmer. Sogar bei Death Watch, wo er mit seiner Kollegin Constance Harraway gegen die Todesstrafe kämpft, ist er unerwünscht.

Zwei Jahre sind vergangen, seit Jason Bourne, ehemaliger Auftragskiller der CIA, nach seinem Gedächtnisverlust seine ehemaligen Auftraggeber abgeschüttelt hat und mit seiner großen Liebe Marie in Goa in Indien untergetaucht ist. Nach wie vor wird Jason von Albträumen und Flashbacks aus seiner Vergangenheit geplagt; er sieht immer wieder eine Szene in einem Berliner Hotel, wo er und sein – mittlerweile von der CIA liquidierter – Boss am Schauplatz eines Mordes sind.