Der talentierte, aber naive Kornett-Spieler Red Nichols reist im Jahre 1924 aus seiner kleinen Heimatstadt in Utah in die Großstadt New York City. Er beginnt in der Band von Will Paradise zu arbeiten und findet bald durch seine ungewöhnliche Art zu spielen Aufmerksamkeit. Er heiratet die Sängerin Willia Stutsman und sie gründen ihre eigene Dixieland-Gruppe unter dem Namen The Five Pennies (eine Anspielung auf Nichols’ Namen, da ein Nickel soviel wie fünf Pennies ist).

Michael J. „Crocodile“ Dundee und Sue Charlton sind immer noch nicht verheiratet, obwohl sie den gemeinsamen Sohn Mikey haben. Inzwischen organisiert Mick Scheinjagd-Shows für die Touristen. Sein Hauptrivale im Geschäft ist ein anderer Überlebenskünstler namens Jacko. Als Sue wegen des tödlichen Unfalls eines Mitarbeiters im Zeitungsunternehmen ihres Vaters benötigt wird, siedelt die Familie kurzerhand nach Los Angeles über.

Die Handlung beginnt kurze Zeit nach dem Ende des ersten Films. Neo, der sich nun seiner Kräfte bewusst ist, zweifelt immer noch daran, der Auserwählte zu sein. Derweil bereiten sich die Maschinen darauf vor, Zion, die Stadt der Menschen, einzunehmen. Im weiteren Verlauf der Geschichte begibt sich die Besatzung der Nebukadnezar auf den Weg nach Zion, um die dortige Bevölkerung auf den bevorstehenden Krieg einzuschwören und um den Ältestenrat von einer Gegeninitiative zu überzeugen. Gegen den Willen des obersten Zuständigen für die Verteidigung von Zion, Commander Lock, bekommt Morpheus die Erlaubnis des Ältestenrates für seine Gegeninitiative. Ihm schließen sich die Mannschaften zweier weiterer Schiffe an. Die Handlung splittet sich hier in zwei Stränge, wobei einer innerhalb der Matrix spielt und einer in der realen Welt.