Zum Ende des Dreißigjährigen Krieges (1618–1648) wird der 14-jährige Waisenjunge Krabat 1646 Lehrling in einer Wassermühle im Koselbruch bei Schwarzkollm in der Lausitz. Die elf anderen Gesellen behandeln ihn teilweise hart, bringen ihm aber auch die nötigen Fertigkeiten eines Müllergesellen bei. Besonders zum Altgesellen Tonda fasst Krabat zunächst Vertrauen und es entwickelt sich eine Freundschaft. Wie alle Gesellen gerät auch Krabat nach und nach zunächst willig immer tiefer in die Fänge des Meisters, der in den schwarzen Hexenkünsten bewandert ist. Als Krabat eines Nachts an der Seite von Tonda unsichtbar das Dorf Schwarzkollm besucht, sieht er dort ein Mädchen, in das er sich augenblicklich verliebt.

Im Jahr 814, kurz nach dem Tod Karls des Großen, kommt in Ingelheim am Rhein ein Mädchen namens Johanna zur Welt. Sie ist die Tochter des dortigen Dorfpriesters, der nicht glücklich darüber ist, weiblichen Nachwuchs zu bekommen. Der Vater herrscht mit harter Hand über seine Frau, die heimlich zu Wotan betet, und die gemeinsamen Kinder. Johanna ist schon als junges Mädchen sehr wissbegierig und redegewandt. Sie überredet ihren älteren Bruder Matthias, sie lesen und schreiben zu lehren; als Vorlage dient ihnen dabei die Bibel mit ihren lateinischen Texten.