Der dunkle Kristall handelt davon, wie der Gelfling Jen zusammen mit der Gelflingin Kira nach einer langen Wanderung mit Hilfe des dunklen Kristalls die Schreckensherrschaft der Skekse beendet und ihre Welt so in paradiesische Zustände zurückführt. Der Film spielt in der Welt Thra. Diese wird von einem Dualismus aus den guten, weisen Uru (im englischen Original Mystics) und den gierigen Skeksen geprägt. Die Uru sind weise Zauberer, die kurz vor dem Aussterben stehen. Die Skekse beherrschen seit dem sogenannten Krachen des Kristalls vor 1000 Jahren die Welt.

Der verbitterte und geizige Geschäftsmann Ebenezer Scrooge wird von seinen Mitmenschen aufgrund seines unzugänglichen Charakters gefürchtet und gehasst. Besonders unter seiner Hartherzigkeit zu leiden haben sein Gehilfe Bob Cratchit und dessen Familie. In der Nacht vor dem Weihnachtsfest besuchen Scrooge jedoch drei Weihnachtsgeister, die ihm anhand der Weihnachtsfeste seiner Vergangenheit, Gegenwart und Zukunft eindringlich seine Fehler und Versäumnisse vor Augen führen. Durch die Besuche der Geister geläutert erkennt Scrooge die wahre Bedeutung des Weihnachtsfestes und verwandelt sich in einen herzlichen und nächstenliebenden Menschen.

Ähnlich wie das Original It's a Wonderful Life beginnt der Film damit, dass zu Weihnachten etwas Schlimmes passiert. Während die Muppets ihren Weihnachtsbaum schmücken, Jingle Bells singen und sich nach dem Beispiel der Kurzgeschichte Das Geschenk der Weisen beschenken (Rizzo die Ratte verkaufte beispielsweise seine Käsesammlung, um Gonzo eine Petrischale zu kaufen, aber Gonzo versetzte seine Petrischalen, um Rizzo einen Diamantenkäseschneider zu kaufen) erscheint ein trauriger Kermit, scheucht Miss Piggy weg und teilt allen mit: „Wir haben alles verloren, das Geld, das Theater, alles.“ Traurig geht er hinaus, setzt sich auf eine Bank und friert.