Der größte Teil der Handlung dreht sich um die Entstehung und die Aktionen der RAF im Zeitraum 1967 bis 1977 (siehe Zeittafel Rote Armee Fraktion). Beim Staatsbesuch des Schahs Mohammad Reza Pahlavi in West-Berlin kommt es zur gewaltsamen Auflösung einer Demonstration, bei der Kriminalobermeister Karl-Heinz Kurras den Studenten Benno Ohnesorg vor der Deutschen Oper erschießt. Ein knappes Jahr später wird Studentenführer Rudi Dutschke, Redner am Vietnam-Kongress im Audimax der TU Berlin, auf offener Straße von einem jungen Hilfsarbeiter angeschossen und schwer verletzt. Als Reaktion folgt ein Protest gegen den Axel-Springer-Verlag, an dem auch Ulrike Meinhof teilnimmt. Nach der Brandstiftung in zwei Frankfurter Kaufhäusern als Protest gegen den Vietnamkrieg werden die Täter am nächsten Tag festgenommen. Meinhof schreibt als Journalistin über den Prozess und lernt dabei die angeklagten Studenten Gudrun Ensslin, Thorwald Proll und Andreas Baader kennen.

Jason Bourne lebt im griechisch-albanischen Grenzgebiet von seiner Teilnahme an illegalen Faustkämpfen. In Reykjavík dringt die seit Das Bourne Ultimatum mit ihm verbündete Nicky Parsons von einem Computerraum von Christian Dassaults Hacktivistengruppe aus in den Zentralserver der CIA ein. Die gewonnenen Daten enthalten auch neue Informationen über Bourne, den sie anschließend in Athen ausfindig macht. Während einer Straßenschlacht zwischen Demonstranten und der Polizei auf dem Syntagma-Platz tauschen sich Bourne und Parsons aus. Sie stellen fest, dass die CIA Parsons seit ihrem Hack beobachtet und verfolgt. Auf der Flucht wird Parsons von einem CIA-Killer – Asset genannt – erschossen, der sich als Mitglied des ehemaligen Blackbriar-Programms herausstellt.