Der größte Teil der Handlung dreht sich um die Entstehung und die Aktionen der RAF im Zeitraum 1967 bis 1977 (siehe Zeittafel Rote Armee Fraktion). Beim Staatsbesuch des Schahs Mohammad Reza Pahlavi in West-Berlin kommt es zur gewaltsamen Auflösung einer Demonstration, bei der Kriminalobermeister Karl-Heinz Kurras den Studenten Benno Ohnesorg vor der Deutschen Oper erschießt. Ein knappes Jahr später wird Studentenführer Rudi Dutschke, Redner am Vietnam-Kongress im Audimax der TU Berlin, auf offener Straße von einem jungen Hilfsarbeiter angeschossen und schwer verletzt. Als Reaktion folgt ein Protest gegen den Axel-Springer-Verlag, an dem auch Ulrike Meinhof teilnimmt. Nach der Brandstiftung in zwei Frankfurter Kaufhäusern als Protest gegen den Vietnamkrieg werden die Täter am nächsten Tag festgenommen. Meinhof schreibt als Journalistin über den Prozess und lernt dabei die angeklagten Studenten Gudrun Ensslin, Thorwald Proll und Andreas Baader kennen.

Zum Ende des Dreißigjährigen Krieges (1618–1648) wird der 14-jährige Waisenjunge Krabat 1646 Lehrling in einer Wassermühle im Koselbruch bei Schwarzkollm in der Lausitz. Die elf anderen Gesellen behandeln ihn teilweise hart, bringen ihm aber auch die nötigen Fertigkeiten eines Müllergesellen bei. Besonders zum Altgesellen Tonda fasst Krabat zunächst Vertrauen und es entwickelt sich eine Freundschaft. Wie alle Gesellen gerät auch Krabat nach und nach zunächst willig immer tiefer in die Fänge des Meisters, der in den schwarzen Hexenkünsten bewandert ist. Als Krabat eines Nachts an der Seite von Tonda unsichtbar das Dorf Schwarzkollm besucht, sieht er dort ein Mädchen, in das er sich augenblicklich verliebt.

Als sich das Leben der Familie Taschenbier mit dem Sams wieder normalisiert zu haben scheint, stören ungeahnte Vorkommnisse die Idylle: Bruno Taschenbier verhält sich zunehmend seltsamer, er isst wie ein Scheunendrescher und ist vorlaut und frech. Taschenbier entdeckt sogar hin und wieder ein rotes Haar auf seinem Kopf. Ihm und seiner Familie wird klar, dass er sich langsam aber sicher in ein Sams verwandelt.

Sascha ist ehemaliger Medizinstudent und Taxifahrer in Berlin. Als er von seiner Freundin Lina erfährt, dass sie von ihm schwanger ist, gerät sein Leben aus den Fugen, und er baut einen Unfall. Im Krankenhaus lernt er die 87-jährige Ella Freitag kennen, der eine Operation am Auge bevorsteht. Da Sascha ihren medizinischen Hintergrund in Erfahrung bringt und der im Prinzip unnötige Eingriff ein zu großes Risiko wäre, entführt er sie aus dem Krankenhaus. Zuhause bekommt Frau Ella, wie Sascha sie nennt, die Trennung von Lina und Sascha mit. Weil die Polizei nach Sascha wegen der Entführung fahndet, will er sie ins Krankenhaus zurückbringen, doch Frau Ella weigert sich.