Der Architekt Steven wird von seiner Freundin Robin vor die Tür gesetzt. Als er sich gerade in seiner neuen Wohnung einrichtet, streikt der Fernseher. Aus diesem Grund ruft er den Kabelmann (Cable Guy) Chip Douglas. Der repariert den Anschluss und drängt Steven in eine affektierte Freundschaft. Er nimmt Steven zu einer „Spritztour auf die Datenautobahn“ mit, indem er mit ihm eine große Parabolantenne aussucht und schwärmt vom Fernsehen, vor dem ihm seine Mutter aus Zeitmangel hat aufwachsen lassen. Nach einem von Chip leidenschaftlich geführten Ritterkampf miteinander im Mittelalterrestaurant Medieval Times findet Steven in seiner Wohnung einen Großbildfernseher, eine Karaokemaschine und ein „Supersoundsystem“ vor, das Chip insgeheim als Geschenke für seine Freundschaft aufgestellt hat. Steven lehnt die Geschenke ab, Chip möchte vor einer Rücknahme noch eine Party für seine Kunden veranstalten, der Steven zustimmt.

Agent J hat sich nach fünf Jahren bei den Men in Black (MIB), der Kontrollbehörde für außerirdische Aktivitäten in New York, zum Top-Agenten hochgearbeitet. Auf einmal taucht Serleena auf, ein bösartiges kylothisches Monster, das die Gestalt eines Unterwäschemodels angenommen hat. Sie sucht das „Licht von Zartha“, das die Zarthaner 25 Jahre vorher auf die Erde gebracht haben, um es dort zu verstecken. Die Men in Black durften es aber nicht behalten, um die Neutralität der Erde zu wahren und schickten es vorgeblich in den Weltraum. Der damals für den Fall zuständige Agent scheint es allerdings trotzdem irgendwo auf der Erde versteckt zu haben. Das Licht ist so mächtig, dass es jedem Besitzer die vollkommene Herrschaft über den Planeten Zartha ermöglicht.

Am Morgen des Valentinstags 2004 erwacht Joel Barish benommen in seinem Bett. Er steht auf und macht sich auf den Weg zur Arbeit. Auf dem Bahnsteig wartend, entschließt er sich plötzlich anders und nimmt den Zug nach Montauk am Meer. Am Strand sieht er eine junge Frau in orangerotem Sweatshirt; er hat den Wunsch, sie kennenzulernen, jedoch auch Hemmungen. Diese überwiegen bei ihm auch noch bei der zweiten Begegnung in einem Café und der dritten auf der Rückfahrt im Zug. Nun ergreift sie – Clementine – die Initiative und eröffnet das Gespräch; trotz aller Gegensätzlichkeit nähern sie sich an.

Der Film hat keine Handlung im klassischen Sinn und ist nicht chronologisch aufgebaut. Er zeigt in sechs verschiedenen Handlungssträngen Figuren, anhand derer Facetten aus dem Leben von Bob Dylan dargestellt werden. Die Episoden wandeln zwischen realen, verbürgten Szenen und philosophischen, abstrakten Metabetrachtungen. Unter anderem wird gezeigt, wie Dylan im Jahr 1965 anfängt, die elektrische Gitarre (Fender Stratocaster) zu spielen (anhand der filmischen Figur Jude Quinn). Außerdem wird in Anlehnung an den Western Pat Garrett jagt Billy the Kid, zu dem Dylan den Soundtrack schrieb, Richard Gere als Billy the Kid gezeigt (als Parallele zu dem älteren Bob Dylan), der anfangs nur ein ruhiges Leben führen will und dann in einer Art Comeback seinen alten Widersacher Pat Garrett ein letztes Mal überlistet.

Der Baum, den die drei Streifenhörnchen (engl. Chipmunks) Alvin, Simon und Theodore bewohnen, wird gefällt und zusammen mit seinen Bewohnern in das Foyer der Plattenfirma Jett Records gestellt. Als der wenig erfolgreiche Songschreiber Dave Seville mit seinem neuen Lied beim Firmenmanager Ian, der vorgibt, sein Freund zu sein, abgelehnt wird, verlässt er enttäuscht das Gebäude und lässt dabei einen Korb Muffins mitgehen.

Der junge Allen Ginsberg empfindet die Columbia University, an der Intellekt, Kunst und Freiheit herrschen, im Gegensatz zu seiner Heimatstadt in New Jersey als kulturelles Mekka. Als er dort für ein Literaturstudium aufgenommen wird, ermutigt ihn sein Vater, die psychisch kranke Mutter zurückzulassen und in New York seine Träume zu verfolgen. An der Columbia angekommen, findet Allen eine Mischung von alten Traditionen und modernen Ideen vor. Er trifft dort auch auf den Studenten Lucien Carr, der avantgardistisch eingestellt ist. Lucien wird durch seinen Charme, seine physische Attraktivität und sein unkonventionelles Verhalten bald zu Allen Ginsbergs Objekt der Faszination.

Katharine „Kay“ Graham hatte den Job nie gewollt, doch nach dem Tod ihres Mannes muss sie den Posten als Chefin der renommierten Washington Post und Vorstandsvorsitzenden des Verlages übernehmen. Dies ist in dem von Männern dominierten Vorstand keine leichte Aufgabe, und anfänglich bringt sie in den Sitzungen kein Wort heraus. Die Washington Post plant ihren Börsengang. Eines Tages im Jahr 1971 landen geheime und brisante Informationen auf dem Schreibtisch von Ben Bradlee, dem Chefredakteur der Washington Post. Diese waren zuvor bereits der New York Times zugespielt worden. Es geht in den von einem Pentagon-Mitarbeiter kopierten Unterlagen um die Verschleierung von Informationen darüber, dass der Vietnam-Krieg aus anderen als den bislang bekannten Gründen begonnen wurde und nicht zu gewinnen sei. Dies hatten der amtierende Präsident und seine drei Vorgänger stets verschwiegen.