Als Doro ihren Freund Axel erneut in flagranti mit einer anderen Frau erwischt, schmeißt sie ihn aus der gemeinsamen Wohnung. Doch als er weg ist, merkt sie, dass sie von Axel schwanger ist, und möchte ihn heiraten. Axel lernt in einer Männergruppe den schwulen Walter kennen, der den Wohnungssuchenden zu einer Party einlädt. Dort lernt er dessen ebenfalls schwulen Bekannten Norbert kennen und zieht bei diesem ein. Die beiden Schwulen sind von Axel angetan. Axel ist jedoch heterosexuell und liebt nach wie vor Doro. Als Doro die Suche nach Axel fast aufgeben will, findet sie ihn und den nackten Norbert, der fälschlicherweise gedacht hatte, auf Gegenliebe zu stoßen, bei sich zu Hause. Sie ist zuerst schockiert, später kommen sie und Axel aber doch wieder zusammen und heiraten noch vor der Geburt des gemeinsamen Sohnes.

Die Heidelberger Apothekerin Hella Moormann hat eine Schwäche für Männer mit Problemen, bis sie den jungen, verspielten und in Autos vernarrten Zahnmedizinstudenten Levin kennenlernt. Dieser ermordet seinen Großvater, um an dessen Vermögen und an seine Villa heranzukommen, mit Gift, welches Hella von ihrem Großvater geerbt hatte. Allerdings hatte sein Opa zuvor das Testament geändert, so dass er binnen eines Jahres Hella heiraten muss, damit sie das Erbe erhält. So heiraten die beiden sehr schnell. Doch bald betrügt Levin Hella mit der Haushälterin Margot, die bereits für den Großvater gearbeitet hatte. Außerdem wohnt inzwischen Dieter, Margots Mann und Ex-Häftling, ebenfalls in der Villa. Auch wird Hella an ihrem Arbeitsplatz niedergeschlagen. Am nächsten Tag beobachtet sie Levin mit dem Täter und ihr wird klar, dass er versucht haben muss, sie umzubringen, um an „sein“ Geld zu kommen.

Der Junghexe Bibi Blocksberg soll aufgrund ihrer besonderen Verdienste bei der Rettung zweier Kinder vor dem Flammentod vom Hexenrat die Hexenkugel verliehen werden, eine Auszeichnung, die normalerweise erst ältere Hexen erhalten. Natürlich sind Bibi und ihre Mutter Barbara Blocksberg mächtig stolz. Ihr Vater Bernhard Blocksberg hingegen steht dem ganzen eher kritisch gegenüber, da er auf der Arbeit schief angesehen wird, weil er zwei Hexen in seiner Familie hat.

Die in New York lebende Ruth hat gerade ihren Mann beerdigt, als sie sich – in einer aus Sicht ihrer Kinder extremen Weise – auf ihre jüdischen Wurzeln zurückbesinnt. Verbitterung hat sich ihrer bemächtigt, die so weit führt, dass sie ihrer Tochter Hannah verbietet, ihren nicht-jüdischen Freund Luis zu heiraten. Während der Trauerzeremonie lernt Hannah eine Cousine ihrer Mutter kennen, von der sie bisher nichts wusste, und ihr wird klar, dass sie auch über ihre Mutter Ruth und deren Vergangenheit nie etwas erfahren hat. Die jedoch wiegelt ab und vergräbt die Erinnerung in sich.

Bibi Blocksberg hat im vergangenen Schuljahr ihre Zeit mehr mit Hexerei als mit Mathematik zugebracht. Dementsprechend sehen ihre Noten aus. Dies veranlasst ihre Eltern, Barbara und Bernhard Blocksberg, Bibi auf das Ferieninternat Schloss Altenberg zu schicken.

Werner, Hans-Jörg und Agnes, die vor ihrer Geschlechtsangleichung unter dem Namen "Martin" lebte, sind Geschwister. Der älteste Bruder, Werner, ist grüner Staatssekretär im Bundesumweltministerium und hat als großes politisches Ziel die Einführung des europaweiten Dosenpfands. Seine Ehe mit Signe ist in der Krise, sein Sohn Ralf filmt ihn in den peinlichsten Situationen. Hans-Jörg ist Bibliothekar in einer Universitätsbibliothek. Sein größtes Problem ist seine Sexsucht. Er stellt Studentinnen nach, beobachtet sie und masturbiert auf der Damentoilette. Agnes lebt mit einem proletenhaften Lover zusammen, der sie jedoch ständig beschimpft und schließlich aus der Wohnung wirft.

Von der Erziehung einer Alt-68er-Therapeutin geprägt, deren Kern sich vor allem durch Regelfreiheit und penetrante Unkonventionalität zeigte, hat Lena Schneider sich zum Gegenteil ihrer Mutter Doris entwickelt. Sie versucht, alles zu kontrollieren, und lehnt Gefühle strikt ab. Zur Feier ihres Abiturs steht ein Thailandurlaub an. Während Doris von gemeinsamen Partynächten träumt, möchte Lena im Urlaub nur lesen und ihre Mutter auf Abstand halten. Gleichzeitig planen auch die Öztürks einen Thailandurlaub und brechen zum Flughafen auf. Auf dem Weg dorthin begegnen sich die beiden Familien an einer roten Ampel und sitzen auch im Flugzeug nebeneinander.

In einem kleinen Wirtshaus versucht sich der verarmte Baron von Münchhausen mithilfe seiner Geschichten über Wasser zu halten. Deshalb erzählt er, wie er Sankt Petersburg für Zarin Katharina vor den angreifenden Türken verteidigte. Während jener Schlacht traf er auf den stärksten Mann der Welt (Vladimor) und den schnellsten Mann der Welt (Hermet). Um den Sultan zu besiegen, fliegt er auf einer Kanonenkugel ins türkische Lager. Zurück im Palast der Zarin, überreicht diese ihm ein Ehrenzeichen.

Der Bankräuber Zeki Müller wird aus dem Gefängnis entlassen. Er macht sich auf die Suche nach der Beute, um seine bei dem Bordellbetreiber Attila aufgelaufenen Schulden zu begleichen. Zekis Freundin Charlie hatte dreizehn Monate zuvor das Geld auf einer Baustelle vergraben, da sie glaubte, dass dort nur Rohre verlegt würden. Zeki lokalisiert die Beute mittels GPS unter einer neu errichteten Turnhalle der Münchner Goethe-Gesamtschule. Um an sein Geld heranzukommen, bewirbt sich Zeki um die freie Stelle des verstorbenen Hausmeisters, wird allerdings auf Grund eines Missverständnisses als Aushilfslehrer eingestellt.

Die 45-jährige Krankengymnastin Franziska geht wegen vermeintlicher Wechseljahresbeschwerden zum Arzt und erfährt, dass sie schwanger ist. Bevor sie ihrem Mann Andreas die Neuigkeit erzählen kann, trennt er sich von ihr, weil er mit ihrem Ordnungs- und Kontrollzwang nicht mehr zurechtkommt. Sie entscheidet sich für eine Abtreibung und trifft in der Beratungsstelle die quirlige und talentierte 20-jährige Lebenskünstlerin Lilli. Auch sie ist schwanger, doch auch wenn sie zurzeit wohnungslos ist und in ihrem Atelier übernachtet, will sie ihr Kind bekommen. Als sie eines Tages bei Franziska vor der Tür steht, nimmt diese die junge Chaotin zunächst vorübergehend in ihr blitzsauberes Einfamilienhaus auf.

Der ehemalige Bankräuber Zeki Müller zweifelt an seiner Tauglichkeit, weiter als Lehrer an der Goethe-Gesamtschule zu arbeiten. Er versucht sein Führungszeugnis mit Photoshop zu überarbeiten. Auch eine Akupunkturtherapie, zu der ihn seine Freundin Elisabeth „Lisi“ Schnabelstedt gezwungen hat, kann seinen gegenwärtigen psychischen Zustand nicht verbessern. Als er erfährt, dass ein verstorbener, ehemaliger Komplize seine Beute auf der Flucht im Tank von Zekis Auto versteckt hat, kann er tatsächlich Diamanten im Wert von mehreren zehntausend Euro bergen. In der Absicht, demnächst als Lehrer zu kündigen, versteckt er sie zu Hause in einem Plüschtier. Dieses wird jedoch kurz darauf von Lisi eingesammelt und in einen Spendencontainer des Schillergymnasiums gesteckt. Zeki stürmt in die Konkurrenzschule, wo er auf den überengagierten Lehrer Hauke Wölki trifft. Es stellt sich jedoch heraus, dass der Container bereits auf dem Weg zur Partnerschule nach Thailand ist.

Der Film setzt einige Zeit nach den Ereignissen von Fack ju Göhte 2 ein. Lisi hat Zeki mittlerweile verlassen und wohnt in England. Zeki hingegen ist immer noch Lehrer an der Goethe-Gesamtschule, dort versucht er, die Klasse 11b auf das anstehende Abitur vorzubereiten. Nachdem die Schüler jedoch bei einem Berufswahltest des Berufsinformationszentrums miserable Zukunftschancen prophezeit bekommen, sinkt ihre ohnehin nicht große Motivation auf den Nullpunkt. Zusätzlich werden bei einer Inspektion der Schule durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung die dort herrschenden katastrophalen Zustände aufgedeckt. Der zuständige Sachbearbeiter Eckhart Badebrecht droht damit, die Schule zu schließen, sollten sich die Verhältnisse nicht bessern. Überprüft werden soll die Verbesserung in einem Leistungstest für die 11. Klasse – Zekis Klasse. Besonders Zeki will um jeden Preis dafür sorgen, dass der Leistungstest gut ausfällt, da Rektorin Gerster droht, ansonsten mit seiner Vergangenheit zur Polizei zu gehen.