Der dunkle Kristall handelt davon, wie der Gelfling Jen zusammen mit der Gelflingin Kira nach einer langen Wanderung mit Hilfe des dunklen Kristalls die Schreckensherrschaft der Skekse beendet und ihre Welt so in paradiesische Zustände zurückführt. Der Film spielt in der Welt Thra. Diese wird von einem Dualismus aus den guten, weisen Uru (im englischen Original Mystics) und den gierigen Skeksen geprägt. Die Uru sind weise Zauberer, die kurz vor dem Aussterben stehen. Die Skekse beherrschen seit dem sogenannten Krachen des Kristalls vor 1000 Jahren die Welt.

Der kleine Bastian wird regelmäßig von seinen Klassenkameraden schikaniert. Auf der Flucht vor ihnen rettet er sich eines Tages in ein Antiquariat, wo er einem alten Buchhändler begegnet, der ihn vor einem geheimnisvollen Buch warnt. Bastian kann nicht widerstehen und „leiht“ sich das Buch mit dem seltsamen Titel Die unendliche Geschichte aus, um es auf dem Dachboden seiner Schule zu lesen. Das Buch handelt von Atréju, der das Leben der „Kindlichen Kaiserin“ Phantásiens und somit auch Phantásien retten will. Denn das geheimnisvolle „Nichts“ lässt Phantásien und alle darin lebenden Wesen langsam verschwinden.

Im Jahr 2029 bildet Astronaut Leo Davidson an Bord der Raumstation Oberon der United States Air Force Menschenaffen, deren Chromosome gentechnisch verändert wurden, für Weltraumoperationen aus. Als ein herannahender elektromagnetischer Sturm gesichtet wird, entsendet die Oberon zu dessen näherer Erkundung den Schimpansen Pericles in einer Weltraumkapsel in den Sturm. Kurz darauf weicht die Kapsel von ihrem Kurs ab und die Raumstation verliert jeglichen Kontakt zu ihr. Daraufhin widersetzt sich Leo dem Befehl seines Vorgesetzten und fliegt selbst in einer weiteren Raumkapsel hinterher. Als er sich dem Sturm nähert, gerät er in ein wurmlochähnliches Phänomen und verliert die Kontrolle über die Kapsel. Während diese sich einem unbekannten Planeten nähert, beobachtet Leo seine Datumsanzeige im Cockpit, die um mehrere hundert Jahre nach vorne schnellt.

Selbst als der grandiose Geschichtenerzähler Edward Bloom im Sterben liegt, erzählt er seine so gern gehörte, teils unglaubliche Lebensgeschichte. Seinen Erzählungen nach wuchs er viel zu schnell, war daher drei Jahre lang ans Bett gefesselt, sah im Auge einer Hexe seinen eigenen Tod voraus und wurde später der ganze Stolz Ashtons, der Kleinstadt, in der er aufwuchs. Als ein Riese namens Karl die Stadt heimsucht und Schafe und Kornfelder verdrückt, erklärt sich Edward bereit, mit diesem zu sprechen – und er kann ihn überzeugen, mit ihm die Stadt zu verlassen.

Der etwa 10-jährige Charlie Bucket wohnt mit seinen Eltern und Großeltern in einer grotesk windschiefen und baufälligen Behausung am Rande einer großen Stadt. Trotz großer Armut ist die Familie fröhlich und gut gelaunt. Charlies größtes Idol ist Willy Wonka, ein kreativer Hersteller teils ausgefallenster Süßigkeiten, der in der Stadt eine riesige und geheimnisvolle Schokoladenfabrik betreibt.