Der Film spielt während des Ersten Weltkriegs in Deutsch-Ostafrika. In einer kleinen Siedlung, weit entfernt von jeder Zivilisation, lebt und wirkt die sittenstrenge und etwas altjüngferliche Rose Sayer als Missionarin zusammen mit ihrem Bruder Pastor Samuel Sayer. Mit dem Nötigsten und mit Nachrichten versorgt wird die Siedlung von dem raubeinigen und verwahrlosten Kapitän Charlie Allnutt und seinem altersschwachen kleinen Dampfboot namens African Queen. Niemand erwartet, dass der Krieg große Auswirkungen auf die Siedlung haben könnte, sie wird aber durch deutsches Militär bei einer Strafexpedition völlig zerstört. Pastor Sayer fällt daraufhin in den Zustand geistiger Verwirrtheit und stirbt wenig später. Kapitän Allnutt sieht sich gezwungen, Rose auf seiner Reise weiter den Fluss hinunter mitzunehmen.

Der junge Marineoffizier (Lieutenant Junior Grade) John F. Kennedy nutzt, sehr zum Erstaunen seines Vorgesetzten Commander C. R. Ritchie, den Einfluss seiner Familie, um sich in das umkämpfte Gebiet der Salomonen versetzen zu lassen. Dort versammelt er eine Mannschaft – unter anderem bestehend aus Leonard J. Thom, „Bucky“ Harris und Edmund Drewitch – mit der es ihm gelingt, das beschädigte Schnellboot PT 109 zu reparieren.