Der zehnjährige Rico, der sich selbst als „tiefbegabt“ bezeichnet, wohnt allein mit seiner Mutter in der Dieffenbachstraße 93 in Berlin-Kreuzberg. Als er eines Tages den zwei Jahre jüngeren Oskar kennenlernt, erkennt er schnell, dass dieser Junge ganz anders ist als er. Oskar weiß sehr viel für sein Alter und kann schnell kombinieren. Er gilt als hochbegabt, hat aber leider ständig Angst vor den großen und kleinen Gefahren des Alltags. Trotz dieser Unterschiede schließen die beiden Jungen Freundschaft. Unterdes treibt ein Kindesentführer in Berlin sein Unwesen. Er wird „Mister 2000“ genannt, weil er 2000 Euro Lösegeld für seine Opfer fordert. Oskar beschließt, diesen Halunken auf eigene Faust zu enttarnen, ohne dass Rico etwas davon mitbekommt.

Rico Doretti, der von sich selbst sagt, er sei „tiefbegabt“, träumt in Gedanken davon, wie seine Mutter und der Polizist Simon Westbühl vor den Traualtar treten. Unvermittelt reißt ihn seine Mutter Tanja aus seinen Träumen und präsentiert ihm eine Karte seines Freundes Oskar, die jedoch so lange unterwegs war, dass Oskar zu Ricos großer Freude kurz darauf schon selbst vor seiner Tür steht, da er bei ihm übernachten wird. Erst einmal steht ein Besuch in der Pizzeria „Bei Raffaele“ auf dem Programm. Dort erzählt Rico seinem Freund, dass er in der Pizzeria immer Pizza mit Meeresfrüchten bestelle, weil ein großer Fisch seinen Vater ins Wasser gezogen habe, der ertrunken sei. Das sei seine Rache. Mit ihrer Bestellung bringen die Jungen die Kellnerin zur Verzweiflung, was für einen Gast wenig angenehm endet.

Seit dem letzten Abenteuer von Rico und Oskar wohnen mittlerweile auch Oskar und sein Vater Lars in der Dieffenbachstraße 93. Dafür ist der mürrische und eigenwillige Nachbar Fitzke gestorben. Während der Beerdigungsfeier bemerkt Rico auf dem Friedhof eine junge Frau, die er zuletzt sah, als sie sein Wohnhaus verließ und sich zuvor mit Fitzke gestritten haben musste. Als Fitzke wenig später verstarb vermachte er Rico seine umfangreiche Steinsammlung samt Hinweis, gut darauf aufzupassen.

Der Film setzt einige Zeit nach den Ereignissen von Fack ju Göhte 2 ein. Lisi hat Zeki mittlerweile verlassen und wohnt in England. Zeki hingegen ist immer noch Lehrer an der Goethe-Gesamtschule, dort versucht er, die Klasse 11b auf das anstehende Abitur vorzubereiten. Nachdem die Schüler jedoch bei einem Berufswahltest des Berufsinformationszentrums miserable Zukunftschancen prophezeit bekommen, sinkt ihre ohnehin nicht große Motivation auf den Nullpunkt. Zusätzlich werden bei einer Inspektion der Schule durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung die dort herrschenden katastrophalen Zustände aufgedeckt. Der zuständige Sachbearbeiter Eckhart Badebrecht droht damit, die Schule zu schließen, sollten sich die Verhältnisse nicht bessern. Überprüft werden soll die Verbesserung in einem Leistungstest für die 11. Klasse – Zekis Klasse. Besonders Zeki will um jeden Preis dafür sorgen, dass der Leistungstest gut ausfällt, da Rektorin Gerster droht, ansonsten mit seiner Vergangenheit zur Polizei zu gehen.