Zia kann die Trennung von seiner Freundin Desiree nicht überwinden und schneidet sich die Pulsadern auf. Als er wieder aufwacht, befindet er sich an einem Ort im Jenseits, an dem sich alle Selbstmörder aufhalten müssen. Zia sucht sich erstmal einen Job in der Kamikaze-Pizzeria und versucht sich einzuleben. Als er einen alten Bekannten trifft, erfährt er, dass auch Desiree sich umgebracht hat.

Der Rüstungsindustrielle, Multimilliardär und Playboy Tony Stark präsentiert in Afghanistan sein neuartiges Raketensystem namens „Jericho“. Auf dem Rückweg zum Flughafen überfällt die Terrororganisation „Zehn Ringe“ seinen Konvoi. Stark wird durch eine Rakete seines eigenen Unternehmens, Stark Industries, schwer verletzt und gerät in Gefangenschaft. Ein Mitgefangener namens Yinsen führt eine Notoperation an Stark durch, in dessen Körper durch die Raketenexplosion Metallsplitter eingedrungen sind. Ein in die Brust eingepflanzter Elektromagnet soll verhindern, dass die Splitter sein Herz erreichen und ihn töten.

Der sterbende russische Wissenschaftler Anton Vanko verfolgt in Moskau, wie Tony Stark auf einer Pressekonferenz enthüllt, dass er selbst Iron Man ist (zu sehen am Ende des ersten Teils). Mit seinen letzten Worten offenbart Vanko seinem Sohn Ivan, der ebenfalls Physiker ist, dass Starks Ruhm ihm hätte gebühren sollen. Ivan entdeckt in dessen Nachlass Pläne für den ursprünglichen Arc-Reaktor (im ersten Teil noch mit „ARK-Reaktor“ übersetzt), den Anton gemeinsam mit Tonys Vater Howard Stark entwickelt hatte. Auf Grundlage der Pläne entwickelt Ivan seinen eigenen verkleinerten Arc-Reaktor und Plasmapeitschen, die vom Reaktor betrieben werden.