Der Kriminelle Mickey Cohen kontrolliert in den späten 1940er Jahren die Unterwelt von Los Angeles und schützt sich und seine Leute durch Bestechung von Polizisten und Richtern vor Strafverfolgung. Daher beschließt der Polizeichef von Los Angeles, Bill Parker, Cohens Aktivitäten die wirtschaftliche Basis zu entziehen, indem er seine Betriebe und Geschäfte gewaltsam zerstören lässt, ohne dass seine Behörde damit in Verbindung gebracht werden kann. Für diesen geheimen Auftrag wählt er mit Detective Sergeant John O’Mara, eigentlich Ermittler beim Morddezernat, einen durchsetzungsstarken und unbestechlichen Beamten aus, der bereits im Zweiten Weltkrieg in einer geheim operierenden Spezialeinheit gedient hat. Dieser akzeptiert den Auftrag pflichtbewusst, trotz der Schwangerschaft seiner Frau, und rekrutiert eine kleine, schlagkräftige Truppe von wenigen Polizisten mit speziellen Kenntnissen und Fähigkeiten unter seinem Kommando.

Der Film beginnt mit einer Rückblende, in der zu sehen ist, wie Thomas als kleiner Junge von seiner Mutter der Organisation WCKD (Welt-Chaos-Katastrophen-Department) übergeben wird. Die Haupthandlung setzt unmittelbar am Ende des ersten Teils an: Nachdem Thomas und seine Freunde dem Labyrinth entkommen konnten, werden sie zu einer Einrichtung gebracht, die von einem Mann namens Janson kontrolliert wird. Er erklärt ihnen, dass sie bei ihm sicher seien, und gibt ihnen Kleidung und Verpflegung. Neben ihnen sind noch viele weitere Jugendliche dort untergebracht, die offenbar ebenfalls aus Labyrinthen entkommen konnten. Sie werden medizinisch im Labor untersucht. Janson fragt Thomas, an welche Dinge er sich während seiner Zeit bei WCKD noch erinnern kann. Thomas weiß jedoch wenig darüber. Einige der Insassen werden von den anderen abgesondert. Angeblich werden sie von der Station weggebracht, in eine Gegend, in der sie nicht mehr interniert sein müssen. Auch Teresa wird von der Gruppe isoliert, um sie auf einer Kr