Die Geschichte wird von Kathy in einer Rückblende erzählt: Ruth, Tommy und sie befinden sich in den 1970er-Jahren als Kinder zusammen in Hailsham, einem scheinbar normalen Internat. Sie leben dort mit vielen anderen Gleichaltrigen, seit sie zurückdenken können. Regelmäßige ärztliche Untersuchungen sind selbstverständlich, und es wird viel Wert darauf gelegt, dass die Schüler gesund und unversehrt sind. Freude bereitet ihnen, dass besonders gute im Kunstunterricht gefertigte Arbeiten in einer Galerie ausgestellt werden. Kathy und Ruth sind beste Freundinnen, Tommy eher der gehänselte Außenseiter. Kathy empfindet Mitleid mit Tommy und leistet ihm Gesellschaft, wenn er allein ist, oder sagt ihm im Unterricht vor, damit er nicht ausgelacht wird. Ruth versteht die Verbindung zwischen Kathy und Tommy nicht und ist eifersüchtig. Sie sucht ihrerseits Tommys Nähe, und so geschieht es, dass er sich Kathy entfremdet und immer mehr mit Ruth zusammen ist.

Zwei Jahre, nachdem er sich als Kick-Ass zur Ruhe gesetzt hat, ist Dave Lizewski mit seinem Alltagsleben unzufrieden und versucht, wieder an sein altes Superheldendasein Anschluss zu fassen. Er überredet seine Freundin „Hit-Girl“, Mindy Macready, ihn zu trainieren, damit sie effektive Partner im Kampf gegen das Verbrechen werden können. Mindys Vormund Marcus, ein enger Freund und Kollege ihres verstorbenen Vaters, möchte Mindy jedoch ein normales Leben ermöglichen und verbietet ihr jedwede Aktivität als Hit-Girl. Als er sie nach einer weiteren Trainingsrunde mit Dave schließlich im Kostüm erwischt, muss Mindy ihm versprechen, endgültig mit ihrer Superidentität Schluss zu machen. Daves Freundin glaubt, er habe ein Verhältnis mit Mindy, und trennt sich von ihm. Doch auch Mindy hat es nicht leicht, ein „normales“ Mädchen zu werden: Sie findet zwar schnell Anschluss, doch aufgrund einer Intrige der Schuldiva Brooke zerschlägt sich schließlich jede Hoffnung auf Akzeptanz und ein normales Leben.

Zu Beginn der Handlung leitet ein Voice-over-Kommentar den Zuschauer durch die Handlungsgegend: Auf der einen Seite die Moore, wo Feen und Zauberwesen im Einklang miteinander leben, auf der anderen Seite das Menschenkönigreich, wo Zwietracht, Neid und Ständeordnung herrschen. Maleficent ist eine junge, gehörnte Fee mit körpergroßen, drachenartigen, befiederten Flügeln auf dem Rücken. Sie erfährt, dass ein Mensch die Moore betreten hat. Als sie ihn zur Rede stellt, erfährt sie, dass er Stefan heißt und beim Stehlen eines Edelsteines erwischt wurde. Maleficent fordert den Edelstein zurück und wirft ihn in einen Bach, da er in das Reich der Moore gehöre. Stefan begleitet sie an die Grenze der Reiche. Zum Abschied geben sie sich die Hand, aber Stefans Eisenring verbrennt Maleficent. Er wirft ihn weg, damit sich ihre Hände wieder berühren können, und sie werden Freunde.

Jacob Portman ist 15 Jahre alt und an seiner Schule ein isolierter Außenseiter, als er mit ansehen muss, wie sein Großvater Abraham stirbt. Er findet ihn eines Nachts tödlich verletzt in dem dunklen Wald hinter seinem Haus. Wo vorher die Augen seines Großvaters waren, sind nur noch zwei dunkle Löcher; jemand hat ihn seiner Augäpfel beraubt. Abraham erteilt seinem Enkel mit letzter Kraft den Auftrag, auf die Insel nach Wales zu reisen, auf die er während des Zweiten Weltkrieges geflüchtet war, und dort eine gewisse Miss Peregrine zu suchen. Im Wald hat Jacob eine riesenhafte Gestalt gesehen. Das offizielle Ermittlungsergebnis ist aber, dass sein Großvater von einem Hund verstümmelt worden ist. Seine Eltern schicken ihn zu der Psychiaterin Dr. Golan. Jacob erinnert sich an die Geschichten, die sein Großvater ihm über die Insel erzählt hat, auf der er mit vielen anderen Kindern gelebt haben will, die alle über außergewöhnliche Fähigkeiten verfügten.