Der Film beginnt mit einer schwarzen Leinwand und Originaltonaufnahmen von Opfern, die bei den von al-Qaida-Terroristen verübten Terroranschlägen am 11. September 2001 neben fast 3.000 anderen Menschen ums Leben kamen. Die CIA fahndet daraufhin verstärkt nach dem al-Qaida-Anführer Osama bin Laden. Die CIA-Analytikerin Maya wird 2003 nach Pakistan verlegt, wo sie gemeinsam mit dem CIA-Agenten Dan nach Hinweisen auf den Aufenthaltsort bin Ladens sucht. Maya begleitet Dan zu einem geheimen CIA-Gefängnis (so genannte Black Site), wo der CIA-Agent den Gefangenen Ammar mittels Waterboarding und weiterer Maßnahmen foltert, um mehr über die so genannte Saudi-Gruppe (die 19 Attentäter in den USA) zu erfahren, zu der Ammar gehört.

Nach seiner Erweckung aus dem fast 70-jährigen Kälteschlaf und dem Kampf mit den Avengers gegen Loki hat sich Steve Rogers, alias Captain America, etwas mehr der modernen Zeit geöffnet, doch es fällt ihm immer noch schwer, mit der ihm fremden Welt und ihren veränderten Wertvorstellungen Schritt zu halten. Selbst seine alte Freundin Peggy Carter, inzwischen sichtlich gealtert und als einzige von seinen alten Kampfgefährten noch am Leben, kann ihm nur wenig Unterstützung geben. Beim Ausdauertraining am Lincoln Memorial freundet Rogers sich mit Sam Wilson an, einem ehemaligen Fallschirmjäger und jetzigen psychologischen Berater für traumatisierte Kriegsveteranen.

Als Kind erlebt Bruce Wayne, wie seine Eltern ermordet werden. In einer Vision fällt er in eine Höhle und wird dort von Fledermäusen herausgetragen. Jahre später, als Bruce bereits seit langer Zeit als Batman gegen das Verbrechen in Gotham City kämpft, wird er in der Nachbarstadt Metropolis Zeuge, wie der Kampf zwischen Superman und General Zod die Stadt schwer beschädigt. Dabei stürzt ein Hochhaus seines Unternehmens ein und zahlreiche Menschen sterben. Bruce macht für die Katastrophe Superman verantwortlich und fürchtet, dass dieser eines Tages gegen die Menschheit aufbegehren wird. Er plant daher, ihm Einhalt zu gebieten.

Robert the Bruce ist mehr Krieger als Staatsmann. Seinen Männern und seinem Land gegenüber ist er äußerst loyal, im Kampf gegen seine Gegner aber ebenso erbittert. Er und seine Kameraden widersetzen sich den Versuchen Englands, sie zu regieren. Robert wird zum König von Schottland gekrönt, was Englands Zorn entfesselt. Nach einem Überraschungsangriff wird der stolze König ins Exil gezwungen und vom englischen König zum Gesetzlosen erklärt. Mit seinen strategischen und kriegerischen Fähigkeiten versucht Robert, sein Volk und seine Nation zurückzugewinnen.

Nach der Dezimierung durch Thanos befinden sich Tony und Nebula im Schiff der Guardians, der Benatar, auf dem Rückweg zur Erde. Tonys Verletzungen konnten von Nebula versorgt werden, doch nach wenigen Wochen versagt der Antrieb des Schiffes, sie treiben fernab jedweder Zivilisation durchs All und die Nahrungsvorräte und der Sauerstoff gehen zu Neige. Den sicheren Tod vor Augen nimmt Tony mit seinem Iron-Man-Helm eine Abschiedsbotschaft für Pepper auf, wird aber wenig später durch die von der Erde ausgesandte Captain Marvel gerettet. Diese bringt das Schiff sicher zum Avengers-Hauptquartier, wo der völlig abgemagerte Tony und Nebula von Pepper, Steve, Rhodey, Natasha, Thor, Rocket und Bruce empfangen werden.