Charlie ist in seinem ersten Jahr an der Highschool. Er ist verschlossen und braucht lange, um neue Freunde zu gewinnen. So kommt es am ganzen ersten Schultag nur zu einem einzigen Gespräch, nämlich zwischen ihm und seinem Englischlehrer Mr Anderson. Um seine Eltern nicht zu beunruhigen, erzählt er ihnen nichts von seinen wahren Gefühlen. Es wird angedeutet, dass er vor nicht allzu langer Zeit einen psychischen Zusammenbruch erlitten hat und Psychopharmaka nimmt.

Als Kind erlebt Bruce Wayne, wie seine Eltern ermordet werden. In einer Vision fällt er in eine Höhle und wird dort von Fledermäusen herausgetragen. Jahre später, als Bruce bereits seit langer Zeit als Batman gegen das Verbrechen in Gotham City kämpft, wird er in der Nachbarstadt Metropolis Zeuge, wie der Kampf zwischen Superman und General Zod die Stadt schwer beschädigt. Dabei stürzt ein Hochhaus seines Unternehmens ein und zahlreiche Menschen sterben. Bruce macht für die Katastrophe Superman verantwortlich und fürchtet, dass dieser eines Tages gegen die Menschheit aufbegehren wird. Er plant daher, ihm Einhalt zu gebieten.

Im Jahr 1926 erreicht der exzentrische Magizoologe Newt Scamander per Schiff die Stadt New York. Er kommt mit seinem verwitterten Koffer nach Amerika, in den mehr hineinpasst, als man im ersten Moment vermuten möchte. So befindet sich darin eine ganze Sammlung seltener und als gefährlich angesehener magischer Kreaturen, die Newt auf seinen Reisen rund um den Globus finden konnte, darunter auch ein Niffler und seine Bowtruckles. Newt ist nach Amerika gekommen, um seinen Donnervogel Frank, den er in Ägypten aus den Fängen von Tierhändlern gerettet hat, zurück nach Arizona zu bringen, wo sein natürlicher Lebensraum ist. Hiernach will er zurück nach England, um dort sein Buch Phantastische Tierwesen und wo sie zu finden sind zu beenden, in dem er beschreibt, warum man solche Tierwesen schützen sollte.

Nach dem Tod Supermans in Batman v Superman: Dawn of Justice trauert die Welt um ihn. Zur gleichen Zeit kehrt auf Themyscira, der Insel, auf der die Amazonen leben, der Schurke Steppenwolf mit einer Armee aus Paradämonen auf die Erde zurück. Er hatte bereits vor tausenden von Jahren versucht, die Welt zu erobern, scheiterte jedoch gegen eine Allianz aus Olympischen Göttern, Amazonen, Menschen, Atlantern und Green Lanterns. Um seine Rückkehr zu verhindern, wurden drei Mutterboxen auf der Erde verteilt: Eine ging in die Hände der Amazonen, eine zu den Atlantern und die letzte wurde zu den Menschen gegeben. Nur mit ihrer vereinten Kraft wäre es Steppenwolf möglich, die Erde zu erobern. Bei seinem Angriff auf Themyscira schafft es Steppenwolf, die Mutterbox der Amazonen und wenig später die der Atlanter in seine Gewalt zu bringen. Nur die Mutterbox der Menschen, welche mittlerweile von der Organisation S.T.A.R. Labs bewacht wird, ist für ihn nicht auffindbar.