Die Handlung beginnt fünf Jahre nach dem ersten Teil. Die Ghostbusters wurden, wegen der im Kampf gegen das Böse verursachten Zerstörungen, von der Stadt verklagt, und inzwischen ist es ihnen auch verboten, weitere Tätigkeiten als Geisterjäger durchzuführen. Sie treten nur noch auf Kindergeburtstagen auf, werden dort aber auch nur ausgelacht. Als der Kinderwagen mit dem Baby von Dana Barrett unkontrolliert über die Straßen rollt und dann unvermittelt stehen bleibt, gibt es keine logische Erklärung dafür, also wendet sich Dana an die ehemaligen Geisterjäger. Da offiziell nicht mehr erlaubt, untersuchen diese den Fall heimlich und bohren als Straßenarbeiter verkleidet ein Loch in die 1st Avenue. Dort stoßen sie auf einen unterirdischen Schleimfluss im alten Van-Horne-Tunnel. Da sie jedoch dabei einen Stromausfall in New York verursachen, landen sie erst einmal vor Gericht.

Harry und Sally, die beide ihren College-Abschluss 1977 in Chicago gemacht haben, lernen sich auf einer gemeinsamen Autofahrt nach New York kennen. Die Reise stellt sich als wenig harmonisch heraus, da beide ständig unterschiedlicher Meinung sind. So ist Harry der Meinung, Männer und Frauen könnten niemals Freunde sein, weil ihnen immer der Sex dazwischen komme. Sally widerspricht dieser Auffassung. In New York angekommen (nahe dem Washington Square Arch), trennen sie sich auch sofort wieder.

John Hall ist ein viel herumkommender Bursche mittleren Alters, der sich in einer Spinnerei in einer kleinen Provinzstadt der USA um einen Job bewirbt. Der Chef der Firma, Warwick, ist ein skrupelloser und ziemlich gewissenloser Mann. John Hall bekommt die Stelle eines Mitarbeiters, der erst vor kurzem bei seiner alleinigen Nachtschicht mysteriös und blutig umgekommen ist. In der Spinnerei herrschen schlimme Zustände. Tausende von Ratten bevölkern sie und sind ein ständiges Ärgernis der Angestellten und von Tucker Cleveland, dem beauftragten Kammerjäger mit seinem Hund Maxi, der gegen die tausenden von Ratten vorgehen soll.