Nachdem es Scott Lang einst schaffte, den Subatomaren Raum wieder zu verlassen, tüfteln Hank Pym und seine Tochter Hope van Dyne an einem „Tunnel“, einem Weg, wie man diesen Raum betreten und wieder verlassen kann. Beide glauben, dass Hanks im Subatomaren Raum verschollene Frau Janet noch am Leben ist und wollen diese zurückholen. Scott konnte derweil nach den Geschehnissen in Deutschland mit den Regierungen aushandeln, dass er als Strafe nur zwei Jahre unter Hausarrest stehen muss, um so seine Tochter Cassie regelmäßig sehen zu können. Als er mit dieser zusammen in seinem Haus in San Francisco über eine selbstgebaute Konstruktion in den Garten rutscht, bricht er mit seiner Fußfessel durch den Zaun. Durch den dadurch ausgelösten Alarm wird das FBI unter der Leitung von Jimmy Woo zu seinem Haus gerufen, woraufhin sie dieses durchsuchen, um sicherzustellen, dass Scott keinen Kontakt zu Hank oder Hope hat. Als Scott später ein Bad nimmt, hat er eine Vision von Janet, die mit der jungen Hope spielt.

Ein Raumschiff der Life Foundation, das vier außerirdische Lebensformen an Bord genommen hat, stürzt im malaysischen Regenwald ab. Dabei kommt die gesamte Besatzung bis auf den Commander ums Leben. Als dieser mit einem Krankenwagen in die nächste Stadt gefahren werden soll, stellt sich jedoch heraus, dass eine der vier Lebensformen, ein Symbiont, sich mit ihm verbunden hat, der dann auf eine Ärztin übergeht, von ihr Besitz ergreift und den Krankenwagen verunglücken lässt. Die von dem Symbionten kontrollierte Ärztin, deren Verletzungen vom Unfall in Sekundenschnelle heilen, macht sich daraufhin zu Fuß auf den Weg zur nächsten Stadt, während die anderen drei Symbionten geborgen und in den Hauptsitz der Life Foundation in den USA gebracht werden.

Auf dem Planeten Cybertron stehen die Autobots kurz vor der Niederlage gegen die Decepticons. Optimus Prime, der Anführer des Autobots-Widerstands, befiehlt den Rückzug und beauftragt B-127 zur Erde zu fliehen um dort eine Basis zu errichten, wo sich die Autobots neu formieren sollen. B-127 erreicht die Erde im Jahr 1987 und schlägt inmitten einer Militärübung von Jack Burns ein. Burns hält ihn für einen feindlichen Eindringling, woraufhin B-127 flieht und vom Militär verfolgt wird. Auf der Flucht stößt der Decepticon Blitzwing dazu, der B-127 zur Erde gefolgt ist, um herauszufinden wohin sich Optimus Prime zurückgezogen hat. Während des Kampfs zwischen den beiden Transformers gerät Burns Einheit zwischen die Fronten, wobei Burns schwer verletzt überlebt.