Schauplatz des Films ist eine weiterführende Schule der Salesianer Don Boscos in Kigali, die belgischen Soldaten der Vereinten Nationen im Rahmen der UNAMIR-Mission als Basis diente. Der Film schildert in teilweise drastischen Bildern den Völkermord an den Tutsi und den gemäßigten Hutu durch die Hutu-Bevölkerung und Hutu-Milizen, die Interahamwe. Er verschweigt dabei nicht die Beteiligung von Teilen der Regierung Ruandas, diesen Völkermord zu planen. Die Tatenlosigkeit der Blauhelmsoldaten wird in aller Ausführlichkeit dargestellt; sie gipfelte im Abzug der Soldaten, bei dem zirka 2.500 ruandische Bürger, die sich in der Schule in Sicherheit wähnten, den Hutu-Milizen überlassen wurden.

Der Film behandelt die Schicksale sechs verschiedener Personen, die sich in einem Zeitraum von mehreren hundert Jahren ereignen. Die einzelnen Geschichten sind teils durch gemeinsame Figuren, teils nur durch Andeutungen und Erinnerungen miteinander verbunden. Die sechs Einzelgeschichten werden im Film „verzahnt“ erzählt, so dass Erzählstrang und Zeitebene in Schnitten ständig, oft abrupt und überraschend, wechseln.

Als zwölftes Expeditionsteam der geheimen Organisation Southern Reach werden fünf Wissenschaftlerinnen in ein Gebiet geschickt, das als Area X bekannt ist. Seit sich vor drei Jahren ein mysteriöser Vorfall ereignete, überwuchert in dem Landstrich unter einem als „Schimmer“ bezeichneten Schild eine fremde Natur das Land sowie die letzten Überbleibsel menschlicher Zivilisation und breitet sich weiter aus. Doch ihr Auftrag ist nicht einfach: Die Gruppe soll nicht nur das Areal und seine Tier- und Pflanzenwelt erforschen, sondern auch die Ursachen für das mysteriöse Unglück aufdecken. Die Mitglieder der vorherigen elf Forscherteams sind spurlos verschwunden.

In den fünf Jahren seit dem Tod von König Stefan regierte Aurora als Königin der Moore und Maleficent als Wächterin und Beschützerin. Trotz ihres Dienstes hält das benachbarte Königreich Ulstead, Heimat von Prinz Phillip, Maleficent für einen Bösewicht, und während Philipps Vater, König John, Frieden wünscht, hat sich seine Mutter, Königin Ingrith, heimlich auf den Krieg vorbereitet. In den verborgenen Bereichen der Burg stellen Arbeiter Waffen und Munition aus Eisen her, die für alle Feen tödlich sind. Diaval, Maleficents Rabe und Vertrauter, hört, wie Phillip Aurora einen Heiratsantrag macht. Als er dies an Maleficent weitergeleitet hat, rät sie von der Heirat ab, aber Aurora besteht darauf, dass sich ihre Vorbehalte als falsch erweisen werden.