Der mittlerweile 93-jährige Meisterdetektiv Sherlock Holmes hat sich bereits lange aus dem alltäglichen Geschäft zurückgezogen und lebt im Jahre 1947 abgeschieden in seinem Landhaus in Sussex, zusammen mit seiner Haushälterin Mrs. Munro und ihrem Sohn Roger. Holmes leidet ob seines fortgeschrittenen Alters zunehmend unter Demenz. So fällt es ihm beispielsweise schwer, die Details seines letzten Falls zu rekonstruieren, der ihn 30 Jahre zuvor dazu bewogen hatte, seine Detektivkarriere zu beenden.

Jacob Portman ist 15 Jahre alt und an seiner Schule ein isolierter Außenseiter, als er mit ansehen muss, wie sein Großvater Abraham stirbt. Er findet ihn eines Nachts tödlich verletzt in dem dunklen Wald hinter seinem Haus. Wo vorher die Augen seines Großvaters waren, sind nur noch zwei dunkle Löcher; jemand hat ihn seiner Augäpfel beraubt. Abraham erteilt seinem Enkel mit letzter Kraft den Auftrag, auf die Insel nach Wales zu reisen, auf die er während des Zweiten Weltkrieges geflüchtet war, und dort eine gewisse Miss Peregrine zu suchen. Im Wald hat Jacob eine riesenhafte Gestalt gesehen. Das offizielle Ermittlungsergebnis ist aber, dass sein Großvater von einem Hund verstümmelt worden ist. Seine Eltern schicken ihn zu der Psychiaterin Dr. Golan. Jacob erinnert sich an die Geschichten, die sein Großvater ihm über die Insel erzählt hat, auf der er mit vielen anderen Kindern gelebt haben will, die alle über außergewöhnliche Fähigkeiten verfügten.