In der Gegenwart wird die Welt von Terroranschlägen des mysteriösen Mandarin erschüttert, der immer wieder seine Botschaften über gekaperte Fernsehkanäle verbreitet. Starks Freund Colonel James Rhodes, in der Rüstung des Iron Mans (siehe Iron Man 2) auch bekannt als Iron Patriot, versucht mit Hilfe des Geheimdienstes, den Mandarin zu fassen. Stark leidet, bedingt durch die Alieninvasion in New York City, unter spontanen Panikattacken bzw. einem posttraumatischen Stresssyndrom und findet in der Rüstung unbewusst seinen einzigen Schutz. Das neueste Modell dieses hochtechnologisierten Anzuges

Der in New York lebende, 15-jährige Peter Parker ist wie sein bester Freund Ned ein Außenseiter an der New Yorker Midtown High School. Einer der wenigen Lichtblicke an seiner Schule ist sein heimlicher Schwarm Liz, die Präsidentin des akademischen Zehnkampfteams dort, dem auch Peter angehört. Peter kann sich nur schwer auf den Unterricht und seine früheren Hobbys konzentrieren, weil er immerzu an die Geschehnisse in Deutschland denkt und sich Szenen des Kampfes auf seinem Laptop anschaut. Nachdem er als Spider-Man an der Seite von Tony Stark als Iron Man am Leipziger Flughafen gegen Captain Americas aufsässige Avengers vorgegangen war, hinterließ ihm Tony einen neuen Hightech-Spider-Man-Anzug, dessen viele Funktionen Peter nach und nach entdecken muss.