Molly Mahoney ist in dem Spielzeugladen Mr. Magoriums Wunderladen als Managerin tätig. Der Inhaber ist Edward Magorium, der über 200 Jahre alt ist und das Geschäft seit über 100 Jahren führt. Er stellt den Buchhalter Henry Weston ein, um den Wert des Ladens zu ermitteln, weil er plant, die Welt zu verlassen. Der anfänglich farbige Laden, in dem die Spielzeuge durch Magie lebendig werden, wird zunehmend grau, denn er hat eine eigene Persönlichkeit und will ebenso wenig wie Mahoney, dass Magorium sie verlässt.