Der Film erzählt die Geschichte von Eilis Lacey, einer jungen Irin, die 1951 in die Vereinigten Staaten emigriert. Eilis lebt bei ihrer verwitweten Mutter und ihrer Schwester Rose in einem irischen Dorf und arbeitet am Wochenende als Aushilfe in einem kleinen Laden. Rose vermittelt ihr mit kirchlicher Hilfe eine Stelle in Brooklyn. Während der teilweise stürmischen Überfahrt nach New York leidet Eilis an der Seekrankheit. Ihre amerikanische Kajütennachbarin nimmt sich ihrer an und hilft ihr bei der weiteren Überfahrt.

Im Jahr 1926 erreicht der exzentrische Magizoologe Newt Scamander per Schiff die Stadt New York. Er kommt mit seinem verwitterten Koffer nach Amerika, in den mehr hineinpasst, als man im ersten Moment vermuten möchte. So befindet sich darin eine ganze Sammlung seltener und als gefährlich angesehener magischer Kreaturen, die Newt auf seinen Reisen rund um den Globus finden konnte, darunter auch ein Niffler und seine Bowtruckles. Newt ist nach Amerika gekommen, um seinen Donnervogel Frank, den er in Ägypten aus den Fängen von Tierhändlern gerettet hat, zurück nach Arizona zu bringen, wo sein natürlicher Lebensraum ist. Hiernach will er zurück nach England, um dort sein Buch Phantastische Tierwesen und wo sie zu finden sind zu beenden, in dem er beschreibt, warum man solche Tierwesen schützen sollte.

In den fünf Jahren seit dem Tod von König Stefan regierte Aurora als Königin der Moore und Maleficent als Wächterin und Beschützerin. Trotz ihres Dienstes hält das benachbarte Königreich Ulstead, Heimat von Prinz Phillip, Maleficent für einen Bösewicht, und während Philipps Vater, König John, Frieden wünscht, hat sich seine Mutter, Königin Ingrith, heimlich auf den Krieg vorbereitet. In den verborgenen Bereichen der Burg stellen Arbeiter Waffen und Munition aus Eisen her, die für alle Feen tödlich sind. Diaval, Maleficents Rabe und Vertrauter, hört, wie Phillip Aurora einen Heiratsantrag macht. Als er dies an Maleficent weitergeleitet hat, rät sie von der Heirat ab, aber Aurora besteht darauf, dass sich ihre Vorbehalte als falsch erweisen werden.