Das Jahr 2004: John Connor ist mittlerweile erwachsen und lebt ohne festen Wohnsitz, ohne Telefonnummer, ohne Freunde und ohne Familie. Er wandert seit dem Tod seiner Mutter Sarah Connor, die 1997 an Leukämie starb, ziellos umher. Der Tag des jüngsten Gerichts, der bevorstehende Krieg zwischen Menschen und Maschinen, ist seit langem ein grauenvoller Albtraum für John. Ursprünglich sollten durch einen Nuklearangriff der Maschinen im Jahr 1997 drei Milliarden Menschenleben ausgelöscht werden und John Connor würde die überlebenden Menschen im Krieg gegen die Maschinen anführen.

Ray, Bumby, Reg und Jess arbeiten in der Zeit nach den Terroranschlägen vom 11. September 2001 als FBI-Ermittler in Los Angeles in der Abteilung für Terrorbekämpfung. Von ihrem Großraumbüro im Haus der Staatsanwaltschaft aus überwachen sie eine Moschee. Ray, der früher bei der Mordkommission gearbeitet hat, ist erst kürzlich aus New York zu dem Team gestoßen. Die ebenfalls neue Staatsanwältin Claire Sloan, eine attraktive Harvardabsolventin, erregt Rays Aufmerksamkeit. Jess, mit der Ray auch privat befreundet ist, drängt ihn, sich mit Claire zu verabreden. Claire ist jedoch bereits verlobt.