Kontroll handelt von einer fiktiven Gruppe wenig erfolgreicher Fahrkartenkontrolleure in einem fiktiven U-Bahn-System (in der Metró von Budapest gedreht), die von den Fahrgästen oft nicht ernst genommen werden. Der Film spielt komplett in den Anlagen der Metro und präsentiert eine Vielfalt skurriler Charaktere. Der Film hat keinen durchgehenden Handlungsstrang, sondern viele einzelne Handlungsfäden, die sich einige Male überschneiden.

Susan Cooper arbeitet als Analystin für die CIA. Sie ist für die Planung der gefährlichen Missionen des Geheimdienstes verantwortlich und ist somit ausschließlich am Schreibtisch tätig. Als jedoch ihr Partner Bradley Fine, mit dem sie während seiner Einsätze per Funk und versteckter Kamera in Kontakt steht und in den sie verliebt ist, von der schönen Rayna Boyanov vor ihren Augen erschossen wird und diese offenbart, dass sie die Identität der weiteren Agenten kennt somit auch Rick Ford, ein weiterer Agent, in höchste Gefahr gerät, meldet Susan sich selbst als Undercover-Agentin. Bei ihrem Einsatz soll sie Informationen über die Organisation von Raynas Vater, eines gefährlichen Waffenhändlers, der nach eigenen Angaben als einziger wusste, wo sich eine Atombombe befindet und den Fine versehentlich erschossen hat, sammeln.