Jason Bourne lebt im griechisch-albanischen Grenzgebiet von seiner Teilnahme an illegalen Faustkämpfen. In Reykjavík dringt die seit Das Bourne Ultimatum mit ihm verbündete Nicky Parsons von einem Computerraum von Christian Dassaults Hacktivistengruppe aus in den Zentralserver der CIA ein. Die gewonnenen Daten enthalten auch neue Informationen über Bourne, den sie anschließend in Athen ausfindig macht. Während einer Straßenschlacht zwischen Demonstranten und der Polizei auf dem Syntagma-Platz tauschen sich Bourne und Parsons aus. Sie stellen fest, dass die CIA Parsons seit ihrem Hack beobachtet und verfolgt. Auf der Flucht wird Parsons von einem CIA-Killer – Asset genannt – erschossen, der sich als Mitglied des ehemaligen Blackbriar-Programms herausstellt.

Ein Raumschiff der Life Foundation, das vier außerirdische Lebensformen an Bord genommen hat, stürzt im malaysischen Regenwald ab. Dabei kommt die gesamte Besatzung bis auf den Commander ums Leben. Als dieser mit einem Krankenwagen in die nächste Stadt gefahren werden soll, stellt sich jedoch heraus, dass eine der vier Lebensformen, ein Symbiont, sich mit ihm verbunden hat, der dann auf eine Ärztin übergeht, von ihr Besitz ergreift und den Krankenwagen verunglücken lässt. Die von dem Symbionten kontrollierte Ärztin, deren Verletzungen vom Unfall in Sekundenschnelle heilen, macht sich daraufhin zu Fuß auf den Weg zur nächsten Stadt, während die anderen drei Symbionten geborgen und in den Hauptsitz der Life Foundation in den USA gebracht werden.